Rafe çekirdek veya rafe çekirdek subkortikal yapılarının bir dizi olan beyin , en mevcut medula oblongata , köprü ve orta beyin . Serotonerjik sistemden sorumludurlar ( serotonin ile bağlantılı ).
Bulb seviyesinde , raphe çekirdekleri omuriliğe zarar verir ve ağrıya bağlı duyusal dürtüleri düzenler .
Köprü ve orta beyin seviyesinde , tüm beyne zarar verirler ( locus cœruleus'un nöronları ile aynı dağınık şekilde ).
Serotonerjik sisteme ait olan raphe çekirdekleri birkaç işlevde yer alır:
Öte yandan, psikotropik kimyasalların tüketimi olduğunda, halüsinojenler özellikle ön-frontal korteks seviyesinde Raphe nöronlarının postsinaptik uçlarının 5HT2 reseptörleri üzerinde bir agonist olarak hareket ederler.