Ökaryota (filogenetik sınıflandırma)

Bu sayfanın amacı bir filogenetik ağaç sunmaktır Eukaryota ( ökaryotlarının , Eucarya bir kladogram böyle tanıdı çalışmaların son analizler olarak farklı gruplar (ya da taksa) arasındaki mevcut akrabalık ilişkileri, vurgulama demek ki, ökaryotlardakinden), onları öner. Bu, araştırmacıların çalışmalarından kaynaklanan farklı hipotezler arasında sadece bir filogeni olasılığıdır ve bilim camiasında kalan ana tartışmalar, kaynakçadan önce aşağıda kısaca sunulmuştur.

Filogenetik ağaç

Burada sunulan kladogramın en son yayınlanan ve erişilebilir analizlerle tutarlı olması amaçlanmıştır. Mutlaka rızaya dayalı değildir ve her zaman makalenin altında belirtilen kaynakçaya başvurulabilir.

▲ sembolü , canlıların filogenetik ağacının hemen üst kısmını ifade eder. ► işareti , dikkate alınan grubun filogenetik sınıflandırmasını ifade eder. Ağacın ikiden fazla dalı taşıyan herhangi bir düğümü, ele alınan grubun iç soyoluşunun belirsizliğini gösterir .

Botanikçilerin ve zoologların tipografik alışkanlıkları farklıdır. Burada, okuma kolaylığı için ve iki geleneksel etki alanına giren bazı mevcut gruplar, cinsten daha yüksek olan taksonların adlarının tümü düz karakterlerle, cins veya tür adları italik olarak yazılmıştır.

Bir taksonun ardından , bilindiği zaman ortaya çıkış dönemi aşağıdaki lejantla gösterilebilir: ( Plé ): Pleistosen  ; ( Pli ): Pliyosen  ; ( MiB ): Miyosen  ; ( Oli ): Oligosen  ; ( Eoc ): Eosen  ; ( Pal ): Paleosen  ; ( Cre ): Kretase  ; ( Jür ): Jura  ; ( Tri ): Triyas  ; ( Per ): Permiyen  ; ( Araba ): Karbonifer  ; ( Dev ): Devoniyen  ; ( Sil ): Silüriyen  ; ( Ord ): Ordovisyen  ; ( Camb ): Kambriyen  ; ( Edi ): Ediacaran . Mümkünse daha fazla kesinlik için ( - ): daha düşük; ( ~ ): orta; ( + ): üstün.

Adl et al. 2005, Nozaki ve ark. 2009 Cavalier-Smith 2010, çok Apuzoaires ait phyletic pozisyonunu göstermek için basitleştirilmiş sl .

Ökaryotların filogenisi üzerine bilimsel tartışma

Kladistik ve moleküler filogenilerin gelişmesinin ardından, bakteri (veya prokaryotik ) dışındaki organizmaların sınıflandırılması tamamen revize edilmiştir. Bitkiler, algler, mantarlar, hayvanlar ve protozoalar gibi çeşitli organizmalar tarafından evrimsel tarih boyunca bağımsız olarak kazanılan benzerliklere dayalı ayrım, esas olarak tanımlayıcı bir değere sahip olacak, ancak filogenetik sınıflandırma için bir anlamı olmayacaktır. Protistler içinde ne yeşil bitki, ne mantar ne de hayvan olan her şeyin yeniden gruplandırılması artık gerekli olmayacaktı.

Bazen monospesifik olan çok sayıda filum, monofiletik olarak kabul edilmiştir. Gruplandırmaları daha az uzlaşıya dayalıdır: kökün konumu, mitokondrisiz organizmaların konumu , kloroplastların endosimbiyozlarının sayısı ve sonraki filogeni,  vb. . Bu nedenle, glokofitleri, kırmızı algleri ve Viridiplantae'yi (yeşil algler ve kara bitkileri) içeren "Arkeplastidler", belki de, iki zarla çevrili plastidlere sahip bu soyun üyelerinin, onların soyundan geldiği varsayımına dayanan adlarını gasp ederler. bir tek ortak bir ata dahil endosimbiyotik siyanobakteri . Bu durumda grup parafiletik olacaktır ( bkz. Nozaki ve diğerleri 2003 ve Yoon ve diğerleri 2008). Chromalveoli'ye gelince, muhtemelen onların içinde, Bicontes'in tabanına dönen Kazılardan ayrılan Rhizaries'i içerirler, ancak bazı Kazı hatlarında ( diplomonadlar ve parabasalidler ) mitokondri yokluğu bugün ikincil olarak kabul edilir. Bu, Burki ve arkadaşlarının analizidir . Stramenopiles, Alveoli ve Rhizaria'yı yeniden gruplandırmak için kabaca takip edilen 2007. Burki ve ark. 2008 marka Hacrobia kardeşi grup Archeplastids arasında böylece “SAR grubu” dan ayırarak ve klorofil c ve yakın olmayan pigmentli yakınları içeren fotosentetik ökaryotların birleştiren Chromalveoli kavramını eskimiş render.

Apusozoa muhtemelen daha yakın Opisthocontes için büyük bir kısmı, yukarıda gösterildiği gibi, Unicontes ve Bicontes arasındaki ayrılma yakın vardır. Bütün grup polifiletiktir. Breviatea kabul edilir amip kardeş grup olarak Amibozoaires ilgili. Diphyllatea veya Collodictyonidae Amibozoa ve kazar arasındaki eski bir ara çizgisini temsil eden, ökaryotik ağacın dibinde belirsiz bir konuma sahiptir.

T. Cavalier-Smith tarafından yapılan en son analizler, Ökaryotik ağacın kökünü Euglenae'nin içine veya onlarla diğer Ökaryotlar arasına yerleştirdi, Unicont'ların ayrılması daha sonradır.

Cavalier-Smith 1998'e göre sınıflandırma

Bu sınıflandırma, Hennigian kladistik anlamında kesinlikle filogenetik değildir . Yeni filogenilere dayanarak, yine de kolaylık sağlamak için özellikle evrimsel çizgilerin temelinde parafiletik taksonları korur. Aynı zamanda geleneksel isimlendirmeyi de (krallıklar, filumlar, sınıflar vb. ) korur  .

Sadece Protozoa sensu Cavalier-Smith 13 filum veya filumun altında gelişmiştir . Diğer krallıklar ilgili sayfalarda listelenmiştir.

Cavalier-Smith 1998'e göre sınıflandırma └─o empire ou super-règne des Eukaryota ├─o règne des Protozoa (paraphylétique) │ ├─o sous-règne des Archezoa (paraphylétique) │ │ ├─o embranchement des Metamonada │ │ │ ├─o sous-embranchement des Eopharyngia │ │ │ └─o sous-embranchement des Axostylaria │ │ └─o embranchement des Trichozoa │ │ ├─o sous-embranchement des Anaeromonada │ │ └─o sous-embranchement des Parabasala │ └─o sous-règne des Neozoa (paraphylétique) │ ├─o infra-règne des Sarcomastigota (paraphylétique) │ │ ├─o embranchement des Neomonada (peut-être paraphylétique) │ │ │ ├─o sous-embranchement des Apusozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Isomita │ │ │ └─o sous-embranchement des Choanozoa (peut-être paraphylétique) │ │ ├─o embranchement des Cercozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Phytomyxa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Reticulofilosa │ │ │ └─o sous-embranchement des Monadofilosa │ │ ├─o embranchement des Foraminifera │ │ └─o embranchement des Amoebozoa │ │ ├─o sous-embranchement des Lobosa │ │ └─o sous-embranchement des Conosa │ │ ├─o infra-embranchement des Archamoebae │ │ └─o infra-embranchement des Mycetozoa │ │ ├─o super-classe des Eumyxa (peut-être paraphylétique) │ │ └─o super-classe des Dictyostelia │ ├─o infra-règne des Discicristata │ │ ├─o embranchement des Percolozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Tetramitia │ │ │ └─o sous-embranchement des Pseudociliata │ │ └─o embranchement des Euglenozoa │ │ ├─o sous-embranchement des Plicostoma │ │ │ ├─o super-classe des Diplonemia │ │ │ └─o super-classe des Euglenoida │ │ └─o sous-embranchement des Saccostoma │ │ ├─o classe des Kinetoplastea │ │ └─o classe des Postgaardea │ ├─o infra-règne des Alveolata │ │ ├─o super-embranchement des Miozoa │ │ │ ├─o embranchement des Dinozoa │ │ │ │ ├─o sous-embranchement des Protalveolata (peut-être paraphylétique) │ │ │ │ └─o sous-embranchement des Dinoflagellata │ │ │ └─o embranchement des Sporozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Gregarinae │ │ │ ├─o sous-embranchement des Coccidiomorpha │ │ │ │ ├─o super-classe des Coccidia │ │ │ │ ├─o super-classe des Ascetospora │ │ │ │ └─o super-classe des Hematozoa │ │ │ └─o sous-embranchement des Manubrispora │ │ │ └─o classe des Metchnikovellea │ │ └─o super-embranchement des Heterokaryota │ │ └─o embranchement des Ciliophora │ │ ├─o sous-embranchement des Tubulicorticata │ │ ├─o sous-embranchement des Epiplasmata │ │ └─o sous-embranchement des Filocorticata │ └─o infra-règne des Actinopoda (peut-être paraphylétique) │ ├─o embranchement des Heliozoa │ └─o embranchement des Radiozoa │ ├─o sous-embranchement des Spasmaria │ └─o sous-embranchement des Radiolaria ├─o règne des Animalia ► ├─o règne des Fungi ► ├─o règne des Plantae ► └─o règne des Chromista ├─o sous-règne des Cryptista │ └─o embranchement des Cryptophyta └─o sous-règne des Chromobiota ├─o infra-règne des Heterokonta ► └─o infra-règne des Haptophyta └─o embranchement des Haptophyta  

Nozaki ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2003

Analiz, plastit organizmalar üzerinde duruldu Discicrists , Stramenopiles ve Alveoli büyük içinde bulunan clade yapma Archeplastides paraphyletic. Rhodophytes tabanına yakın bir çizgi olacaktır Bicontes (olmadan organizmaların belirlenmemiş yerine tabi mitokondri ). Rhizaires'in yeri belirtilmemiştir.

Nozaki ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2003 ─o ├─o Amoebozoa └─o ├─o Opisthokonta │ ├─o Metazoa │ └─o Fungi └─o Plantae ├─o Rhodophyta └─o ├─o Glaucophyta └─o ├─o Viridiplantae └─o ├─o Discicristata │ ├─o Heterolobosea │ └─o │ ├─o Kinetoplastida │ └─o Euglenozoa └─o Chromalveolata ├─o Heterokontophyta └─o Alveolata ├─o Apicomplexa └─o Ciliophora  

Stechmann ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2003

Stechmann ve çalışmaları Cavalier-Smith iki ana daldaki içine Ökaryotik ağacı bölünmüş unicontes ve bicontes . Ağaç yapısında Bitkiler, Hayvanlar ve Mantarların geleneksel krallıkları ile Cavalier-Smith'in Kromistler için önerdiği krallık terminal dallar olarak sunulmaktadır. Kalan tüm dallar birlikte, Cavalier-Smith anlamında Protozoa'nın saltanatını oluşturur.

Stechmann ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2003
ökaryot
Bicontes

Apusozoa


Kabozoa

kazı


Rhizaria

Retarya



Cercozoa






Saltanat Plantaları


kromalveolata

kromista saltanatı



alveolata





Unicontes

amipozoa


Opisthokonta


Choanozoa



hayvan saltanatı





mantar saltanatı






 

Adl ve diğerleri tarafından önerilen sınıflandırma . 2005

Özellikle Thomas Cavalier-Smith ve Sandra L. Baldauf tarafından , filogenetik analizler yoluyla ökaryotik hücre organizmalarının sınıflandırılmasını yeniden düzenleyen çok sayıda çalışmanın ardından , bu uluslararası protistologlar komitesi, eski Protistlerinkinin yerine yeni bir sınıflandırmayı stabilize etmeye çalıştı ve yeni moleküler sınıflandırmayı hesaba kattı. filogeniler. Bu gruplar Ökaryotlar altı gruba monofiletik olduğu bilinmesine: Amibozoa, Opisthocontes, Rhizaries, Archeplastids, Chromalveoli ve kazar.

amipozoa en uygun amip ve sümüksü küfler
Opisthokonta hayvanlar , mantarlar , choanoflagellates ,  vb.
Rhizaria foraminiferler , radyolaryalılar ve diğer çeşitli amoeboid protozoalar
Archaeplastida (veya Primoplantae) kara bitkileri , yeşil algler , kırmızı algler ve glokofitler
kromalveolata stramenopiller (veya heteroconts ), haptofitler , kriptofitler (veya kriptomonadlar) ve alveoller
kazı çeşitli kamçılı protozoa
Adl ve diğerleri tarafından önerilen sınıflandırma . 2005 ─o ├─o Amoebozoa ► ├─o Opisthokonta ► ├─o Rhizaria ► ├─o Archaeplastida ► ├─o Chromalveolata (peut-être paraphylétique) ► ├─o Excavata (peut-être paraphylétique) ► └─? divers groupes : incertae sedis ├─o Ancyromonas ├─o Apusomonadidae ├─o Centrohelida │ ├─o Acanthocystidae │ ├─o Heterophryidae │ └─o Raphidiophryidae ├─o Collodictyonidae ├─o Ebriacea ├─o Spironemidae ├─o Kathablepharidae └─o Stephanopogon  

Burki ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2007

Ağacın birincil bölümü, Unicontes'i, Kazıları ve diğer tüm Ökaryotları bir araya getiren üçüncü bir kanadı vurgulayan bir üçlemedir. Rhizaria ayrılmış, Excavata ile aynı grupta burada bulunan Chromalveolata sadece bir kardeş grubu olarak, Stramenopiles .

Burki ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2007 ─o ├─o Unikonta │ ├─o Amoebozoa │ │ ├─o Lobosea │ │ └─o Conosea │ └─o Opisthokonta │ ├─o Fungi │ └─o Metazoa ├─o Excavata │ ├─o Malawimonadidae │ └─o │ ├─o Jacobida │ └─o Discicristata └─o ├─o Plantae │ ├─o Rhodophyta │ └─o │ ├─o Glaucophyta │ └─o Viridiplantae └─o ├─o │ ├─o Cryptophyta │ └─o Haptophyta └─o ├─o Alveolata │ ├─o Ciliophora │ └─o │ ├─o Dinoflagellata │ └─o Apicomplexa └─o ├─o Stramenopiles │ ├─o Opalinata │ └─o │ ├─o Oomycetes │ └─o Heterokontophyta └─o Rhizaria ├─o Cercozoa └─o Foraminifera  

Yoon ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2008

Yoon ve ark. 2008, unicontes ve bicontes arasındaki filogenetik ayrımın gerçekliğini doğrulamaz ve hatta Kazılar, Plantae (Arkeplastidler anlamında), Chromalveoli ve Rhizaria (Cercozoa'dan oluşan çekirdek hariç) monofisinin geçerliliğini sorgular.

Yoon ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2008 -o ├─o Opisthokonta └─o ├─o Ancyromonas └─o ├─o │ ├─o Fornicata │ └─o Parabasalidae et Oxymonadida └─o ├─o Amoebozoa └─o ├─o Rhodophyta └─o ├─o Glaucophyta └─o ├─o │ ├─o Cryptophyta │ └─o Viridiplantae └─o ├─o │ ├─o Malawimonadidae │ └─o │ ├─o Jakobidae │ └─o Discicristata │ ├─o Euglenozoa │ └─o Heterolobosea └─o ├─o Haptophyta └─o ├─o Cercozoa │ ├─o Thaumatomonadida │ └─o Cercomonadida └─o ├─o Stramenopiles └─o Alveolata ├─o Ciliata └─o ├─o Apicomplexa └─o Dinoflagellata  

Kim ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2008

Başka bir analizde, Hacrobia, Stramenopiles, Alveolus ve Rhizaria'yı birleştiren “SAR grubu” ile birleşmeden önce, Kazıların çoğu ile bir bölüm oluşturan Archeplastidler içinde yuvalanmış olarak gösterilmiştir. Hep birlikte, bu gruplar bicontes'i , Amibozoa'yı ve opisthocontes'i unicontes'i oluşturur .

Kim ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2008

ökaryotlar

bicontes

Archaeplastida + Hacrobia + Excavata ( Preaxostyla hariç )





Preaksostyla




SAR = Stramenopiles'e + Alveolata + Rhizaria








unicontes

amipozoa



Opisthokonta






 

Burki ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2008

Burki et al. 2008 ayırmak Hacrobia Rhizaria dahil tüm Chromalveoli gelen ederken Archeplastids ile yakın ilişkilerini gösteren.

Burki ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2008

ökaryotlar




SAR = Stramenopiles'e + Alveolata + Rhizaria






Arkeplastida



Hacrobia = Haptophyta + Cryptophyta









amipozoa



Opisthokonta





kazı




 

Rogozin ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2009

Diğer analizler "SAR grubunu" Chromalveolates sl içine yerleştirir, sonuçta ortaya çıkan beş grubun yerleştirilmesinde farklılık gösterseler bile: Archeplastidler, Kazılar, Chromalveolatlar, Amibozoa ve Opisthoconts. Rogozin et al. 2009, birincil bölünmenin Archeplastidler ve diğer tüm Ökaryotlar arasında bulunduğu aşağıdaki ağacı üretin.

Rogozin ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2009

ökaryotlar

Arkeplastida





? Kazı (belirsiz konum)





Chromalveolata s.l. ( Rhizaria dahil)



unicontes

amipozoa



Opisthokonta










 

Nozaki ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2009

Özellikle yavaş gelişen genlerin analizlerine dayanan en son araştırmalardan bazıları, Archaeplastida'nın ( Hervé Le Guyader ve Guillaume Lecointre'ye göre Yeşil Hat) polifiletik karakterini kuvvetle önerir . Nozaki ve ark. (2003, 2009) ve Yoon ve ark. (2008), Archaeplastida'nın görünen monofilisinin , uzun dalların çekiciliğinin bir artefaktından kaynaklandığını öne sürmektedir .

Ait monofiletik karakteri Bikonta (Nozaki "Süper" Bitki Krallığı çağırır) da füzyonu dayanan TS ve DHFR genlerinin ayrı kalmıştır, Unikonta . Unicontes'in monofili , pirimidin sentez yolunda yer alan 3 genin ( CPS / DHO / ATC ) bir füzyonunun varlığıyla da desteklenir . Bu genler prokaryotlarda ve Bicontes'te ayrı kaldı ve bu nadir ve geri dönüşü olmayan olayı bir apomorfi haline getirdi . Öte yandan, Bicontes'in biflagellat karakterinin plesiomorfik olduğu görülmektedir .

Bicontes'in plastidi, bir Siyanobakterilerin tek bir birincil endosembiyozundan gelir (Glokofitlerin bazal konumu, plastidin iki zarı arasındaki bir bakteriyel peptidoglikanın kalıcılığı tarafından da desteklenir). İkincisi, Kazılar tarafından ikincil olarak kaybedilecek ve Chromalveoli, onun yerini kırmızı bir alg'in (4 zarlı plastid) ikincil bir endosimbiyozundan kaynaklanan bir plastid ile değiştirecekti. Son olarak, birkaç Chromalveoli sl taksonu ikincil olarak plastidlerini kaybetmiştir (bunlar arasında sırasıyla Stramenopiles, Alveoli ve Rhizaria arasında sınıflandırılan Oomycota , Ciliata , Foraminifera bulunur).

Nozaki ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2009
ökaryot
unikonta
Opisthokonta

mantarlar




metazoa



Choanoflagellata





amipozoa



Bikonta


kazı



Rodofita





glokofit




Klorobiyota


Chromalveolata s.l.
SAR

Rhizaria




stramenopiller



alveolata




Hacrobia

haptofit



kriptofita








 

Cavalier-Smith 2010'a göre sınıflandırma

Daha önce olduğu gibi, bu evrimsel ağaç altındaki takson sınıflandırma seviyeleri (burada doğum yapmamış olan) ve parafiletik grupları içerir: protozoa , Eozoa , Sarcomastigota  ; Excavata nesillerin kök burada beri şimdi, listede geliştirilen Eukaryota arasında yer alır Euglenozoa ve diğer taksa arasındaki ayrılık Chromista ve plantae bir yandan Unikonta diğer taraftan daha sonra bulunan varlık evriminde Excavata . Bikont nedenle de dikkate alınır parafiletik .

Cavalier-Smith 2010'dan sonra filogenetik ağaç  

Walker ve diğerleri tarafından önerilen sınıflandırma . 2011

Walker ve ark. 2011, hücre biyologları ve parazitologlar için tasarlanmış, “SAR klavuzu” ve “CCTH klavuzu” içeren sistematik bir Ökaryot sınıflandırması önermektedir.

Walker ve diğerleri tarafından önerilen sınıflandırma . 2011  

Zhao ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2012

Ökaryotların, sırasıyla atalara ait bir uniflagellat organizmadan ve bir atalara ait bir biflagellat organizmadan türetilen, uniconts ve biconts olmak üzere iki ana gruba bölünmesi daha önce önerilmişti.

Zhao et al. 2012, "unicontes" ve "bicontes" terimlerinin orijinal anlamda kullanılmadığını belirterek, biraz benzer bir bölümle bir çalışma üretti. Hacrobia, “CCTH grubu” (Cryptophyta, Centrohelida, Telonemi ve Haptophyta'nın kısaltması) ile asimile edilmiştir.

Zhao ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2012
ökaryotlar
"bicontes"

kazı




Arkeplastida




Hacrobia (monofilik olmayan)



SAR = Stramenopiller + Alveolata + Rhizaria





"unicontes"

Opisthokonta



amipozoa




 

Burki ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2012

Filogenetik çalışmaların sonuçları genellikle takson seçimine ve analiz edilen genler üzerinde mevcut olan veri setine bağlıdır . Böylece Burki ve ark. (“CCTH grubunu” düşündürür) ve Okamoto ve ark. (Hacrobies'in yeni taksonunun oluşturulması) Hacrobia adlı monofiletik bir taksonun ( tanısını Cavalier-Smith tarafından alınan Centrohéliozoaires, Cryptophytes ve Haptophytes dahil) doğrulamaktadır. Ancak diğer çalışmalar, Haptophyta ve Cryptophyta klanlarının monofiletik bir grup oluşturmadığı sonucuna varmıştır.

Burki ve ark. 258 gen üzerinde 2012, Zhao ve ark.'nınkinden kısa bir süre sonra yayınlanmıştır . 2012. Burki'nin katıldığı iki çalışma farklı sonuçlar veriyor: Hacrobia grubunun monofiletik olup olmadığını belirlemek zor. Haptofitlerin ve kriptofitlerin ilişkisi bu nedenle belirsizliğini koruyor. Birincisi SAR grubuna kardeş bir grup oluşturur, ikincisi Archaeplastida ile eklemlenir (geniş anlamda "bitkiler").

Burki ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2012
ökaryotlar





SAR = Stramenopiles'e + Alveolata + Rhizaria



telonemi





haptofit






sentrohelida







plantae



Picobiliphyta





kriptofita



katablepharida






kazı


Unicontes

amipozoa



Opisthokonta




 

Adl ve diğerleri tarafından önerilen sınıflandırma . 2012

Protistologists uluslararası komite doğrulayarak önceki sınıflandırma revize SAR grubu : Taksonomik yazı "Sar" başlığı altında ve takson iki yeni üst düzey meclisleri tanıtarak Amorphea (Yunanca dan a ve "olmadan" Morph "form") ve Diaphoretickes ( Yunanca diaphoretikés "çeşitli" den).

Bazı protistologlar, Uluslararası Protistologlar Derneği komitesi tarafından revize edilen sınıflandırmayı , Burki ve ark.'nın analizine dayanarak popüler hale getirir . .

Adl ve diğerleri tarafından önerilen sınıflandırma . 2012  

Boudouresque 2015'ten sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç

Boudouresque 2015, Baldauf'un çalışmasına dayanan bir filogenetik ağaç önerir ve Ökaryotların Zhao ve diğerlerinin anlamı dahilinde tek tek ve çift kutuplulara bölünmesini tanır . . Daha yüksek taksonlar, krallıkları oluşturan monofiletik kümeler halinde gruplandırılmıştır: Unicontes içindeki Amoebobionts ve Opisthocontes krallıkları ve Cryptobionts, Archeplastidler, Rhizarians, Alveoles, Stramenopiles, Haptobionts, Excavicrists ve Bicontes içindeki krallıklar.

Boudouresque 2015'ten sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç  

Adl ve diğerleri tarafından önerilen sınıflandırma . 2019

Uluslararası Protistologlar Komitesi, Protistlere vurgu yaparak daha önceki Ökaryot sınıflandırmalarını revize ediyor.

Ökaryotlar , Amorphea ve Diaphoretickes adı verilen iki alan oluştururlar ve üçüncü bir alanda gruplandırılmayan birkaç ek bölüm bulunur.

Crums CLADE Brown tarafından tarif edilen, ve diğ. 2018 ve Collodictyonidae , Rigifilida ve Mantamonas'ı içeren, Amorphea'nın kardeş grubunu oluşturur.

Oluşturduğu gruba bakıldığında Discoba , Metamonada ve Malawimonada , kayıt grubu " kazar " belirsiz filogenetik konumuna (arasında kabul edilir uncertae SEDIS ökaryotlarda içinde).

Adl ve diğerleri tarafından önerilen sınıflandırma . 2019  

Burki ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2020

Bir filogenomik analize dayanan yeni çalışmalar , ökaryotların filogenik ağacının çözümlenmesinde ilerlemeye izin vermektedir.

Sar grubunun kardeş grubu olarak konumlanan Telonemi şubesi , TSAR (Telonemi, Stramenopila, Alveolata ve Rhizaria'nın kısaltması) lakaplı gruba dahildir.

"Asimile hatları kazar " üç bağımsız dalları (Discoba, Metamonada ve Malawimonadida) ayrılır.

Hemimastigophora çizgisi , diğer ökaryotik dallarla hiçbir akrabalık ilişkisi göstermez.

Burki ve ark.'dan sonra basitleştirilmiş filogenetik ağaç . 2020  

Notlar ve referanslar

  1. (içinde) Michael A. Ruggiero Dennis P. Gordon , Thomas M. Orrell , Nicolas Bailly Thierry Bourgoin , Richard C. Brusca , Thomas Cavalier-Smith , Michael D. Guiry ve Paul M. Kirk , "  A Higher Level Classification of All Canlı Organizmalar  ” , PLoS ONE , cilt.  10, n o  4,29 Nisan 2015, E0119248 ( ISSN  1932-6203 , DOI  10,1371 / journal.pone.0119248 , çevrimiçi okuma )
  2. (içinde) Lynn Margulis ve Michael J. Chapman , Kingdoms & domains: Dünya'daki yaşamın filumları için resimli bir rehber , Boston, Academic Press ,2009, xxii + 731  s. ( ISBN  978-0-12-373621-5 )
  3. Guillaume Lecointre ve Hervé Le Guyader , Canlıların filogenetik sınıflandırması , Paris, Belin ,2006, 3 e  ed. ( 1 st  ed. 2001), 559  , s. , 1 cilt + 1 filogenetik sınıflandırma ağaç kitapçığı ( ISBN  2-7011-4273-3 )
  4. Richard Dawkins ( çevir.  Marie-France Desjeux), "Rendez-vous 37: Zone de brume" , Bir Zamanlar Atalarımız: A History of Evolution ["  The Ancestor's Tale  "], Paris, Robert Laffont ,2007, 798  s. ( ISBN  978-2-221-10505-4 ) , s.  625-630
  5. Marc-André Selosse , “  Animal ou Végétal? : Eski bir ayrım  ”, Pour la Science , n o  350,aralık 2006, s.  66-72 ( ISSN  0153-4092 , çevrimiçi okumak [PDF] )
  6. Marc-André Selosse , “Hayvanlar, Bitkiler ve Mantarlara ne oldu? » , Daniel Prat, Aline Raynal-Roques ve Albert Roguenant'ta (ed.), Canlıları sınıflandırabilir miyiz? : Linné ve sistematiği bugün , Paris, Belin ,2008, 437  s. ( ISBN  978-2-7011-4716-1 , çevrimiçi okuyun ) , s.  225-233
  7. Marc-André Selosse , “  Bitkiler Hâlâ Var Mı?  ", Dossier Pour la Science , n o  77" Olağandışı bitkiler: Bitkilerin sınırsız yaratıcılığı ",Ekim-Aralık 2012, s.  8-13 ( ISSN  1246-7685 , çevrimiçi okuyun [PDF] )
  8. Philippe Silar , Ökaryotik Protistler: Ökaryotik Mikropların Kökeni, Evrimi ve Biyolojisi , Lyon, HAL ,ocak 2016, 472  s. ( ISBN  978-2-9555841-0-1 , çevrimiçi sunum , çevrimiçi okuma [PDF] )
  9. (tr) Sandra L. Baldauf , “  Ökaryotların Derin Kökleri  ” , Bilim , cilt.  300, n o  5626,13 Haziran 2003, s.  1703-1706 ( ISSN  0036-8075 , DOI  10.1126 / science.1085544 , özet )
  10. (içinde) Alastair GB Simpson ve Andrew J. Roger , "  Ökaryotların gerçek 'krallıkları'  " , Current Biology , Cilt.  14, n o  17,7 Eylül 2004, R693-R696 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2004.08.038 , çevrimiçi okuyun )
  11. (tr) Patrick J. Keeling , “  Plastidlerin ve konakçılarının çeşitliliği ve evrimsel tarihi  ” , American Journal of Botany , cilt.  91, n o  10,1 st Ekim 2004, s.  1481-1493 ( ISSN  0002-9122 , DOI  10,3732 / ajb.91.10.1481 , çevrimiçi okuma )
  12. (in) Patrick J. Keeling'e , Gertraud Burger , G. Dion Durnford , B. Franz Lang , Robert W Lee , Ronald E. Pearlman'ın Andrew J. Roger ve Michael W. Gray , "  Ökaryotların ağaç  " , Eğilimler Ekoloji ve Evrim , cilt.  20, n o  12,aralık 2005, s.  670-676 ( ISSN  0169-5347 , DOI  10.1016 / j.tree.2005.09.005 , özet , çevrimiçi oku [PDF] )
  13. (tr) Johanna Fehling , Diane Stoecker ve Sandra L. Baldauf , “Bölüm 6: Fotosentez ve Ökaryot Hayat Ağacı” , Paul G. Falkowski ve Andrew H. Knoll (ed.), Birincil Üreticilerin Evrimi Denizde , Boston, Elsevier Academic Press ,2007, xiii + 441  s. ( ISBN  978-0-12-370518-1 ) , s.  75-107
  14. (tr) Sandra L. Baldauf , “  Ökaryotların filogenisi ve çeşitliliğine genel bir bakış  ” , Journal of Systematics and Evolution , cilt.  46, n o  3,18 Mayıs 2008, s.  263-273 ( ISSN  0529-1526 , DOI  10.3724 / SP.J.1002.2008.08060 , özet , çevrimiçi oku [PDF] )
  15. (içinde) Andrew J. Roger ve Alastair GB Simpson , "  Evrim: Ağaç Ökaryotunun Kökünü Yeniden Ziyaret Etmek  " , Current Biology , Cilt.  19, n o  4,24 Şubat 2009, R165-R167 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2008.12.032 , çevrimiçi okuyun )
  16. (içinde) Eugene V. Koonin , "  Ökaryotların İnanılmaz Genişleyen Atası  " , Hücre , cilt.  140, n o  5,5 Mart 2010, s.  607-610 ( ISSN  0092-8674 , DOI  10.1016 / j.cell.2010.02.022 , çevrimiçi okuyun )
  17. (tr) Giselle Walker , Richard G. Dorrell , Alexander Schlacht ve Joel B. Dacks , “  Ökaryotik sistematiği: hücre biyologları ve parazitologlar için bir kullanıcı kılavuzu  ” , Parasitology , cilt.  138, n o  13,kasım 2011, s.  1638-1663 ( ISSN  0031-1820 , DOI  10.1017 / S00311820000001708 , çevrimiçi okuyun )
  18. (tr) Giselle Walker, Richard G. Dorrell, Alexander Schlacht ve Joel B. Dacks, “  The Eukaryotes in 2011: The Groups, They tanımlayan özellikleri ve literatür  ” , Cambridge Journals Online'da ,2011( 22 Mart 2013 tarihinde erişildi )
  20. (in) Ocak Pawlowski , "  Ökaryotların yeni mikro krallıkları  " , BMC Biology , cilt.  11, n o  40,15 Nisan 2013( ISSN  1741-7007 , DOI  10.1186 / 1741-7007-11-40 , çevrimiçi okuyun )
  21. (içinde) Alastair GB Simpson ve Yana Eglit , "Protist çeşitlendirme" , Richard M. Kliman (ed.), Evrimsel biyoloji ansiklopedisi , cilt.  3, Amsterdam , Elsevier ,3 Mart 2017( 1 st  ed. 2016), 504  , s. ( ISBN  978-0-12-800426-5 , DOI  10.1016 / B978-0-12-800049-6.00247-X , özet ) , s.  344–360
  22. (in) Alastair GB . Simpson , Claudio H. Slamovits ve John M. Archibald , "Protist Diversity and Eukaryote Phylogeny" , John M. Archibald, Alastair GB Simpson, Claudio H. Slamovits, Lynn Margulis , Michael Melkonian, David J. Chapman ve John O. Corliss (ed.), Handbook of the Protists , Basel , Cham , Springer International Publishing ,29 Mart 2017, 2 nci  baskı. , 1630  s. ( ISBN  978-3-319-32669-6 , DOI  10.1007/978-3-319-32669-6_45-1 , özet ) , s.  1-21
  23. (tr) Sina M. Adl, David Bass, Christopher E. Lane, Julius Lukeš, Conrad L. Schoch, Alexey Smirnov, Sabine Agatha, Ceric Berney, Matthew W. Brown, Fabien Burki, Paco Cárdenas, Ivan Čepička , Ludmila Chistyakova, Javier del Campo, Micah Dunthorn, Bente Edvardsen, Yana Eglit, Laure Guillou, Vladimír Hampl, Aaron A. Heiss, Mona Hoppenrath, Timothy Y. James, Sergey Karpov, Eunsoo Kim, Martin JKolisko, Alexander Kudryavtsev, Daniel Kudryavtsev Lahr, Enrique Lara, Line Le Gall, Denis H. Lynn, David G. Mann, Ramon Massana i Molera, Edward AD Mitchell, Christine Morrow, Jong Soo Park, Jan W. Pawlowski, Martha J. Powell, Daniel J. Richter, Sonja Rueckert, Lora Shadwick Satoshi Shimano, Frederick W. Spiegel Guifré Torruella i Cortes Noha Youssef Vasily Zlatogursky, Qianqian Zhang, “  Sınıflandırma, İsimlendirme ve ökaryotlarda Çeşitlilik Düzenlemeler  ” , Ökaryotik Mikrobiyoloji Journal , vol.  66, n o  1,Ocak-Şubat 2019, s.  4-119 ( ISSN  1066-5234 , DOI  10.1111 / jeu.12691 , çevrimiçi okuyun )
  24. (tr) Patrick J. Keeling ve Fabien Burki , “  Ökaryot Ağacına Doğru İlerleme  ” , Current Biology , cilt.  29, n o  16,19 Ağustos 2019, R808-R817 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2019.07.031 , özet , çevrimiçi oku [PDF] )
  25. (in) , David J. Patterson, Mitchell L. Sogin "  : çekirdekli hücreleri ile Eukaryota, Organizmalar Ökaryotlar  " üzerine Tree of Life Web Projesi ,2000( 4 Şubat 2013'te erişildi )
  26. (in) , Patrick J. Keeling'e Brian S. Leander ve Alastair GB Simpson "  : çekirdekli hücreleri ile Eukaryota, Organizmalar Ökaryotlar  " üzerine Yaşam Web Projesi Ağacı ,2009( 4 Şubat 2013'te erişildi )
  27. (tr) Fabien Burki , “  Global Phylogenomic Perspektiften Ökaryotik Hayat Ağacı  ” , Cold Spring Harbor Perspectives in Biology , cilt.  6, n o  5,Mayıs 2014, a016147 ( ISSN  1943-0264 , DOI  10.1101 / cshperspect.a016147 , çevrimiçi okuyun )
  29. (tr) Hisayoshi Nozaki , Shinıchiro Maruyama , Motomichi Matsuzaki Takashi Nakada , Syou Kato ve Kazuharu Misawa , “  Glaucophyta Filogenetik pozisyonları, yeşil bitkiler (Arplastida) ve Haptophyta (Chromalveolata) yavaş yavaş çıkarsanmıştır evrimleşen nükleer genler  ” , Molecular Phylogenetics and Evolution , cilt.  53, n o  3,aralık 2009, s.  872-880 ( ISSN  1055-7903 , DOI  10.1016 / j.ympev.2009.08.015 , özet )
  30. (tr) Thomas Cavalier-Smith , “  Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree  ” , Biology Letters , cilt.  6, n o  3,23 Haziran 2010, s.  342-345 ( ISSN  1744-9561 , DOI  10.1098 / rsbl.2009.0948 , çevrimiçi okuyun )
  31. (tr) Thomas Cavalier-Smith , “  Şunlar için ek materyal: Kingdoms Protozoa ve Chromista ve ökaryotik ağacın eozoan kökü  ” , Biyoloji Mektupları üzerine ,2010( 9 Nisan 2013'te erişildi )
  32. (tr) Thomas Cavalier-Smith , Ema E. Chao , Alexandra Stechmann , Brian Oates ve Sergei Nikolaev , “  Planomonadida ord. kasım (Apusozoa): Planomonas geninde Micronuclearia podoventralis ve Deep Divergences ile Ultrastructural Afinite. kasım  ” , Protist , cilt.  159, n o  4,21 Ekim 2008, s.  535-562 ( ISSN  1434-4610 , DOI  10.1016 / j.protis.2008.06.002 , özet )
  33. (içinde) Marianne A. Minge , Jeffrey D. Silberman , JS Russell Orr , Thomas Cavalier-Smith , Kamran Shalchian-Tabrizi , Fabien Burki , Åsmund Skjæveland ve Kjetill S. Jakobsen , "  Amoebae ve birincil ökaryot ayrışması  ” , Kraliyet Topluluğu B'nin Felsefi İşlemleri , cilt.  276, n o  1657,22 Şubat 2009, s.  597-604 ( ISSN  0962-8436 , DOI  10.1098 / rspb.2008.1358 , çevrimiçi okuyun )
  34. (tr) Thomas Cavalier-Smith ve Ema E. Chao , “  Phylogeny and Evolution of Apusomonadida (Protozoa: Apusozoa): New Genera and Species  ” , Protist , cilt.  161, n o  4,ekim 2010, s.  549-576 ( ISSN  1434-4610 , DOI  10.1016 / j.protis.2010.04.002 , özet )
  35. Hervé Philippe , Agnès Germot , Hervé Le Guyader ve André Adoutte , “  Ökaryotların evrimsel tarihi hakkında ne biliyoruz? : 1. Evrensel yaşam ağacı ve filogenetik yeniden yapılandırmanın zorlukları  ”, Revue tıp / bilimler , Société Française de Génétique, cilt.  11, n o  8,Ağustos 1995, s.  I-XIII ( ISSN  0767-0974 , DOI  10.4267 / 10608/2438 , çevrimiçi okuyun [PDF] )
  36. André Adoutte , Agnès Germot , Hervé Le Guyader ve Hervé Philippe , “  Ökaryotların evrimsel tarihi hakkında ne biliyoruz? : 2. Protistlerin çeşitlendirilmesinden çok hücreli hücrelerin radyasyonuna  ”, Revue tıp / bilimler , Société Française de Génétique, cilt.  12, n o  2Şubat 1996, s.  I-XIX ( ISSN  0767-0974 , DOI  10.4267 / 10608/2045 , çevrimiçi okuyun [PDF] )
  37. Peter Hamilton Raven , Georges Brooks Johnson , Kenneth A. Mason , Jonathan B. Losos ve Susan S. Singer ( çevir.  Jules Bouharmont, Pierre L. Masson ve Charles Van Hove), "Bölüm 29: Protistler" , içinde Biologie [ “  Biyoloji, 9. baskı  ”], Brüksel, de Boeck Superieur ,2011, 2 nci  baskı. ( 1 st  ed. 2007), xxvi + 1279 [88]  , s. ( ISBN  978-2-8041-6305-1 ) , s.  568-587
  38. (içinde) David J. Patterson , "  Ökaryotların Çeşitliliği  " , The American Naturalist , cilt.  154 [Ek, cilt. 65], n o  S4,Ekim 1999, S96-S124 ( ISSN  0003-0147 , PMID  10527921 , DOI  10.1086 / 303287 , JSTOR  10.1086 / 303287 , özet , çevrimiçi oku [PDF] )
  39. (in) David J. Patterson, "  ökaryotlarda soylarının  " üzerine Tree of Life Web Projesi ,2000( 4 Şubat 2013'te erişildi )
  40. (içinde) Alastair GB Simpson ve David J. Patterson , "Bölüm 1: Protistlerin üst düzey gruplamalarına ilişkin güncel bakış açıları" , içinde Laura A. Katz ve Debashish Bhattacharya (ed.), Genomics and Evolution of Microbial Eukaryotes , Oxford , New York, Oxford University Press ,2006, xi + 243  s. ( ISBN  978-0-19-856974-9 ) , s.  7-30
  41. (tr) Igor B. Rogozin , Malay Kumar Basu , Miklós Csürös ve Eugene V. Koonin , “  Nadir Genomik Değişikliklerin Analizi Unikont – Bikont Filojenisini Desteklemez ve Siyanobakteriyel Simbiyozun Birincil Radyasyon Noktası Olduğunu Önerir Ökaryotlar  ” , Genom Biyolojisi ve Evrimi , cilt.  1,25 Mayıs 2009, s.  99-113 ( ISSN  1759-6653 , DOI  10.1093 / gbe / evp011 , çevrimiçi okuyun )
  42. (içinde) Eugene V. Koonin , "  Filogenomik Işığında Ökaryotların Kökeni ve Erken Evrimi  " , Genome Biology , cilt.  11, n o  5,5 Mayıs 2010, s.  209 ( ISSN  1465-6906 , DOI  10.1186 / gb-2010-11-5-209 , çevrimiçi okuyun )
  43. (içinde) Roman Derelle ve B. Franz Lang , "  Ökaryotik Ağacın Mitokondriyal ve Bakteriyel Proteinlerle Köklenmesi  " , Moleküler Biyoloji ve Evrim , cilt.  29, n o  4,nisan 2012, s.  1277-1289 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / msr295 , çevrimiçi okuyun )
  44. (içinde) Laura A. Katz , Jessica R. Grant , Laura Wegener Parfrey ve J. Gordon Burleigh , "  Tacı baş aşağı çevirmek : Gen ağacı kökleri ökaryotik yaşam ağacını cimrilik  " , Systematic Biology , cilt.  61, n o  4,Temmuz 2012, s.  653-660 ( ISSN  1063-5157 , DOI  10,1093 / sysbio / sys026 , çevrimiçi okuma )
  45. (içinde) Jeremy G. Wideman , Ryan R. Gawryluk Michael W. Gray ve Joel B. Dacks , "  ER-Mitokondri Yapısı Karşılaşmasının Antik ve Yaygın Doğası  " , Molecular Biology and Evolution , cilt.  30, n o  9,Eylül 2013, s.  2044-2049 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / mst120 , çevrimiçi okuyun )
  46. (içinde) Ding He , Omar Fiz-Palacios , Cheng Jie Fu , Johanna Fehling , Chun-Chieh Tsai ve Sandra L. Baldauf , "  An Alternative Root for the Eukaryote Tree of Life  " , Current Biology , Cilt.  24, n o  4,17 Şubat 2014, s.  465-470 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2014.01.036 , özet , çevrimiçi okuyun )
  47. (içinde) Tom A. Williams , "  Evrim: Ökaryotik Hayat Ağacının Köklenmesi  " , Current Biology , Cilt.  24, n o  4,17 Şubat 2014, R151-R152 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2014.01.026 , çevrimiçi okuyun )
  48. (in) Roma Derelle , Guifré Torruella Vladimír KLIMES , Henner Brinkmann , Eunsoo Kim , Čestmír VLCEK , B. Franz Lang ve Marek Elias , "  Bakteriyel proteinler tek ökaryotik kökü kesin olarak belirlemek  " , ABD'nin Ulusal Bilimler Akademisi Tutanakları Amerika , cilt.  112, n o  7,17 Şubat 2015, E693-E699 ( ISSN  0027-8424 , DOI  10.1073 / pnas.1420657112 , çevrimiçi okuyun )
  49. (in) Dave Speijer Julius Lukes Marek Elias , "  Seks ökaryotik bir yaşam, her yerde bulunan antik ve doğal niteliktir  " , Amerika Birleşik Devletleri'nin Ulusal Bilimler Akademisi Tutanakları , vol.  112, n o  29,21 Temmuz 2015, s.  8827-8834 ( ISSN  0027-8424 , DOI  10.1073 / pnas.1501725112 , çevrimiçi okuyun )
  50. (tr) Alexandra Stechmann ve Thomas Cavalier-Smith , “  Türetilmiş Bir Gen Füzyonunu Kullanarak Ökaryot Ağacının Köklenmesi  ” , Science , cilt.  297, n veya  5578,5 Temmuz 2002, s.  89-91 ( ISSN  0036-8075 , PMID  12098695 , DOI  10.1126 / science.1071196 , özet )
  51. (içinde) Andrew J. Roger ve Jeffrey D. Silberman , "  Hücre Evrimi: Saklanmakta Mitokondri  " , Nature , cilt.  418, n o  690022 Ağu 2002, s.  827-829 ( ISSN  0028-0836 , DOI  10.1038 / 418827a , özet )
  52. (içinde) Alastair GB Simpson ve Andrew J. Roger , "  Ökaryotik Evrim: Sorunun Köküne Başlarken  " , Current Biology , Cilt.  12, n o  20,15 Ekim 2002, R691-R693 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / S0960-9822 (02) 01207-1 , çevrimiçi okuyun )
  53. (tr) Alexandra Stechmann ve Thomas Cavalier-Smith , “  kesin olarak belirlemiş ökaryot ağacının kökü  ” , Current Biology , vol.  13, n o  17,2 Eylül 2003, R665-R666 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / S0960-9822 (03) 00602-X , çevrimiçi okuyun )
  54. (içinde) Nobuko Arisue , Masami Hasegawa ve Tetsuo Hashimoto , "  Çoklu Moleküler Dizi Verilerinin Kombine Maksimum Olabilirlik Analizinden Çıkarılan Ökaryot Ağacının Kökü  " , Molecular Biology and Evolution , cilt.  22, n o  3,Mart 2005, s.  409-420 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / msi023 , çevrimiçi okuyun )
  55. (içinde) Alastair GB Simpson , Yuji Inagaki ve Andrew J. Roger , "  Kazı Protistlerinin Kapsamlı multigen filogenileri " ilkel " Ökaryotların  " Evrimsel konumlarını ortaya koyuyor , Molecular Biology and Evolution , cilt.  23, n o  3,Mart 2006, s.  615-625 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / msj068 , çevrimiçi okuyun )
  56. (içinde) Patrick J. Keeling , "  Hayat Ağacında Derin Sorular  " , Bilim , cilt.  317, n O  5846 sayılı,28 Eylül 2007, s.  1875-1876 ( ISSN  0036-8075 , DOI  10.1126 / science.1149593 , özet , çevrimiçi oku [PDF] )
  57. (içinde) Charles F. Delwiche , "  Plastid Çeşitliliğinin İpliğini Yaşamın Halısı Üzerinden İzlemek  " , The American Naturalist , cilt.  154 [Ek, cilt. 65], n o  S4,Ekim 1999, S164-S177 ( ISSN  0003-0147 , PMID  10527925 , DOI  10.1086 / 303291 , özet , çevrimiçi oku [PDF] )
  58. (içinde) Jeffrey D. Palmer , "  Plastidlerin Simbiyotik Doğuşu ve Yayılması: Kaç Kez ve Kimin Sayısı?  ” , Journal of Phycology , cilt.  39, n o  1,7 Şubat 2003, s.  4-11 ( ISSN  0022-3646 , DOI  10.1046 / j.1529-8817.2003.02185.x , özet , çevrimiçi oku [PDF] )
  59. (in) Adrian Reyes-Prieto , Andreas PM Weber ve Debashish Bhattacharya , "  Kökeni ve Yosun ve bitkilerdeki plastid Kurulması  " , Genetik Annual Review , Vol.  41,aralık 2007, s.  147-68 ( ISSN  0066-4197 , PMID  17600460 , DOI  10.1146 / annurev.genet.41.110306.130134 , özet )
  60. (içinde) Sven B. Gould , Ross F. Waller ve Geoffrey I. McFadden , "  Plastid Evolution  " , Annual Review of Plant Biology , cilt.  59,haziran 2008, s.  491-517 ( ISSN  1543-5008 , DOI  10.1146 / annurev.arplant.59.032607.092915 , özet )
  61. (içinde) John M. Archibald , "  Plastid Evrim Bulmacası  " , Current Biology , Cilt.  19, n o  227 Ocak 2009, R81-R88 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2008.11.067 , çevrimiçi okuyun )
  62. Marc-André Selosse , “  Endosimbiyotik genomların evrimi: Küçük olmanın avantajı?  », Biofutur , cilt.  28, n o  299Mayıs 2009, s.  28-32 ( ISSN  0294-3506 , çevrimiçi oku [PDF] )
  63. (içinde) Patrick J. Keeling , "  Plastidlerin endosimbiyotik kökeni, çeşitlenmesi ve kaderi  " , Royal Society B'nin Felsefi İşlemleri , cilt.  365, n O  1541,12 Mart 2010, s.  729-748 ( ISSN  0962-8436 , DOI  10.1098 / rstb.2009.0103 , çevrimiçi okuyun )
  64. (içinde) Patrick J. Keeling , "  Ökaryotik Evrimde Plastid endosimbiyozlarının Sayısı, Hızı ve Etkisi  " , Annual Review of Plant Biology , cilt.  64,Nisan 2013, s.  583-607 ( ISSN  1543-5008 , DOI  10.1146 / annurev-arplant-050312-120144 , özet , çevrimiçi oku [PDF] )
  66. (in) Eunsoo Kim ve Linda E. Graham , "  EEF2 Analiz Zorlukları ve Archaeplastida Chromalveolata'nın monofili  " , PLoS One , cilt.  3, n o  7,temmuz 2008, E2621 ( ISSN  1932-6203 , DOI  10,1371 / journal.pone.0002621 , çevrimiçi okuma )
  67. (in) Shinıchiro Maruyaina , Motomichi Matsuzaki , Kazuharu Misawa ve Hisayoshi Nozaki , "  plastid eksik protistler genomları için siyanobakteri katkısı  " , BMC Evrimsel Biyoloji , vol.  9, n o  197,11 Ağu 2009( ISSN  1471-2148 , DOI  10.1186 / 1471-2148-9-197 , çevrimiçi okuyun )
  68. (tr) Denis Baurain , Henner Brinkmann , Jörn Petersen , Naiara Rodríguez-Ezpeleta , Alexandra Stechmann , Vincent Demoulin , Andrew J. Roger , Gertraud Burger , B. Franz Lang ve Hervé Philippe , “  Phylogenomic Evidence for Separate Acquipete Plastitler in Cryptophytes, Haptophytes ve Stramenopiles  ” , Molecular Biology and Evolution , cilt.  27, n o  7,temmuz 2010, s.  1698-1709 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / msq059 , çevrimiçi okuyun )
  69. (içinde) Laura Wegener Parfrey , Erika Barbero , Elyse Lasser , Micah Dunthorn , Debashish Bhattacharya , David J. Patterson ve Laura A. Katz , "  Evaluating Support for the Current Classification of Eukaryotic Diversity  " , PLoS Genetics , cilt.  2, n o  12,22 Aralık 2006, E220 ( ISSN  1553-7390 , Sayfalar  17194223 , Bulunamayan PMCID  1713255 , DOI  10,1371 / journal.pgen.0020220 , çevrimiçi okuma )
  70. (tr) Hwan Su Yoon Jessica Grant , Yonas I. Tekle Min Wu , Benjamin C Chaon Jeffrey C Cole , John M. Logsdon Jr , David J. Patterson , Debashish Bhattacharya ve Laura A. Katz , “  Ökaryotların geniş ölçüde örneklenmiş multigen ağaçları  ” , BMC Evolutionary Biology , cilt.  8, n o  14,18 Ocak 2008( ISSN  1471-2148 , DOI  10.1186 / 1471-2148-8-14 , çevrimiçi okuyun )
  71. (içinde) Yonas I. Takla , Laura Wegener Parfrey ve Laura A. Katz , "  Moleküler Veriler Ökaryotların Kökeni ve Çeşitlendirilmesine İlişkin Hipotezleri Dönüştürüyor  " , Bioscience , Cilt.  59, n o  6,Haziran 2009, s.  471-481 ( ISSN  0006-3568 , PMCID  2938078 , DOI  10.1525 / bio.2009.59.6.5 , JSTOR  10.1525 / bio.2009.59.6.5 , çevrimiçi okuyun )
  72. (in) Laura Wegener Parfrey , Jessica Grant , I. Yonas Tekle , Erica Lasek-Nesselquist Hilary G. Morrison , Mitchell L. Sogin , David J. Patterson ve Laura A. Katz , "  Broadly Sampled multigene Analyzes Yield İyi Çözümlendi Ökaryotik Hayat Ağacı  ” , Sistematik Biyoloji , cilt.  59, n o  5,ekim 2010, s.  518-533 ( ISSN  1063-5157 , DOI  10.1093 / sysbio / syq037 , çevrimiçi okuyun )
  73. (tr) Hisayoshi Nozaki , Motomichi Matsuzaki , Manabu Takahara , Osami Misumi Haruko Kuroiwa , Masami Hasegawa , Tadasu Shin-ı , Yuji Kohara , Naotake Ogasawara ve Tsuneyoshi Kuroiwa , “  Kırmızı Alg filogenetik konumu birden ortaya mitokondri içeren ökaryotlardan nükleer genler ve plastidlerin kökeni hakkında alternatif bir hipotez  ” , Journal of Molecular Evolution , cilt.  56, n o  4,Nisan 2003, s.  485-497 ( ISSN  0022-2844 , DOI  10.1007 / s00239-002-2419-9 , özet )
  74. (içinde) Jeremiah D. Hackett , Hwan Su Yoon , Shenglan Li , Adrian Reyes-Prieto , Susanne E. Rümmele ve Debashish Bhattacharya , "  filogenomik Analiz Cryptophyta ve haptophytes monofilisini ve Rhizaria ile Kromalveoller Biyolojisini Destekler  " , Mole ve Evrim , cilt.  24, n o  8,ağustos 2007, s.  1702-1713 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / msm089 , çevrimiçi okuyun )
  75. (tr) Fabien Burki Kamran Shalchian-Tabrızi Marianne Minge , Åsmund Skjæveland Sergey I. Nikolaev , Kjetill S. Jakobsen ve Jan Pawlowski , “  Filogenomik ökaryotik supergroups görev değişikliği  ” , PLoS bir , Vol.  2, n o  8,29 Ağustos 2007, E790 ( ISSN  1932-6203 , Sayfalar  17726520 , Bulunamayan PMCID  1949142 , DOI  10,1371 / journal.pone.0000790 , çevrimiçi okuma )
  76. (içinde) Vladimir Hampl , Laura Hug , Jessica W. Leigh , Joel B. Dacks , B. Franz Lang , Alastair GB Simpson ve Andrew J. Roger , "  Excavata'nın monofilisini destekleyen filogenomik analizler ve ökaryotik "süper gruplar arasındaki ilişkileri çözer "  ” , Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildiriler Kitabı , cilt.  106, n o  10,10 Mart 2009, s.  3859-3864 ( ISSN  0027-8424 , DOI  10.1073 / pnas.08078880106 , çevrimiçi okuyun )
  77. (tr) Fabien Burki , Kamran Shalchian-Tabrizi ve Jan Pawlowski , “  Phylogenomics, çoğu fotosentetik ökaryotu içeren yeni bir 'megagrup' ortaya koyuyor  ” , Biology Letters , cilt.  4, n o  4,23 Ağu 2008, s.  366-369 ( ISSN  1744-9561 , PMCID  2610160 , DOI  10.1098 / rsbl.2008.0224 , çevrimiçi okuyun )
  78. (tr) Sen Zhao , Fabien Burki Jon brate Patrick, J. Keeling , Dağ Klaveness Kamran Shalchian-Tabrızi , “  Collodictyon - ökaryotlarda Ağaçta bir Eski Köken  ” , evrimi ve moleküler biyoloji , cilt .  29, n o  6,Haziran 2012, s.  1557-1568 ( ISSN  0737-4038 , Sayfalar  22319147 , Bulunamayan PMCID  3351787 , DOI  10,1093 / molbev / mss001 , çevrimiçi okuma )
  79. (tr) Thomas Cavalier-Smith , “  Gözden geçirilmiş altı krallık yaşam sistemi  ” , Biological Reviews , cilt.  73, n o  3,1 er Ağustos 1998, s.  203-266 ( ISSN  1464-7931 , DOI  10.1111 / j.1469-185X.1998.tb00030.x , özet )
  80. (tr) Thomas Cavalier-Smith , “  Protist filogenisi ve Protozoa'nın üst düzey sınıflandırması  ” , Avrupa Protistoloji Dergisi , cilt.  39, n o  4,2003, s.  338-348 ( ISSN  0932-4739 , DOI  10.1078 / 0932-4739-00002 , özet )
  81. (içinde) Thomas Cavalier-Smith , "  Yalnızca altı yaşam krallığı  " , Kraliyet Topluluğu B'nin Felsefi İşlemleri , cilt.  271, n o  154522 Haziran 2004, s.  1251-1262 ( ISSN  0962-8436 , DOI  10.1098 / rspb.2004.2705 , çevrimiçi okuyun [PDF] )
  82. (tr) Fabien Burki Yuji Inagaki Jon brate John M. Archibald , Patrick, J. Keeling , Thomas Cavalier-Smith , Miako Sakaguchi , Tetsuo Hashimoto , Ales Horak , Surendra Kumar , Dağ Klaveness , Kjetill S. Jakobsen , Jan Pawlowski ve Kamran Shalchian-Tabrizi , “  Büyük Ölçekli Filogenomik Analizler İki Esrarengiz Protist Soyu, Telonemi ve Centroheliozoa'nın Fotosentetik Kromalveolatlarla İlişkili Olduğunu Ortaya Çıkarıyor  ” , Genome Biology and Evolution , cilt.  1,27 Temmuz 2009, s.  231-238 ( ISSN  1759-6653 , PMID  20333193 , PMCID  2817417 , DOI  10.1093 / gbe / evp022 , çevrimiçi okuyun )
  83. (in) Noriko Okamoto , Chitchai Chantangsi Ales Horák Brian S. Leander Patrick, J. Keeling , "  Moleküler Filogeninin ve Yeni Katablepharid tanımı Roombia truncata gen. ve sp. kasım. ve Hacrobia Taksonunun Kuruluşu kasım  ” , PLoS ONE , cilt.  4, n o  9,17 Eylül 2009, E7080 ( ISSN  1932-6203 , Sayfalar  19759916 , Bulunamayan PMCID  2741603 , DOI  10,1371 / journal.pone.0007080 , çevrimiçi okuma )
  84. (tr) Fabien Burki , Noriko Okamoto , Jean-François Pombert ve Patrick J. Keeling , “  Haptofitlerin ve kriptofitlerin evrimsel tarihi: Ayrı kökenler için filogenomik kanıt  ” , Kraliyet Topluluğu B Bildirileri , cilt.  279, n o  17367 Haziran 2012, s.  2246-2254 ( ISSN  0962-8452 , DOI  10.1098 / rspb.2011.2301 , çevrimiçi okuyun )
  85. (içinde) Denis H. Lynn , "  Protist Systematics  " , Yaşam Bilimleri Ansiklopedisi (eLS) , Chichester , John Wiley & Sons Ltd , 2 E serisi,15 Ocak 2014( ISBN  978-0-470-01590-2 , ISSN  1476-9506 , DOI  10.1002 / 9780470015902.a0003153.pub2 , özet )
  86. (in) Ocak Pawlowski , "  Protist Evolution and Phylogeny  " , Yaşam Bilimleri Ansiklopedisi (eLS) , Chichester , John Wiley & Sons Ltd , 2 E serisi,17 Mart 2014( ISBN  978-0-470-01590-2 , ISSN  1476-9506 , DOI  10.1002 / 9780470015902.a0001935.pub2 , özet )
  87. (içinde) Charles-François Boudouresque , "Bölüm 7: Tek hücreli Ökaryotların taksonomisi ve filogenisi" , Jean-Claude Bertrand, Pierre Caumette Philippe Lebaron, Robert Matheron, Philippe Normand ve Telesphore Sime-Ngando (ed.), Çevresel Mikrobiyoloji : Temeller ve Uygulamalar [“Mikrobiyal ekoloji: Antropize doğal ortamların mikrobiyolojisi”], Dordrecht , Heidelberg , New York, Londra, Springer ,2015, 953  s. ( ISBN  978-94-017-9117-5 , DOI  10.1007 / 978-94-017-9118-2 ) , s.  191-257
  88. (içinde) Matthew W. Brown , Aaron A. Heiss , Ryoma Kamikawa , Yuji Inagaki , Akinori Yabuki , Alexander K. Tice , Takashi Shiratori , Ken-Ichiro Ishida ve Tetsuo Hashimoto , "  Filogenomik Yerler Yetim Protistan Bir Süper Romanda Eukaryotik Soylar -Grup  ” , Genom Biyolojisi ve Evrimi , cilt.  10, n o  219 Ocak 2018, s.  427-433 ( ISSN  1759-6653 , Sayfalar  29360967 , Bulunamayan PMCID  5793813 , DOI  10,1093 / gbe / evy014 , çevrimiçi okuma )
  89. (içinde) Fabien Burki , Andrew J. Roger , Matthew W. Brown ve Alastair GB Simpson , "  The New Tree of Eukaryotes  " , Trends in Ecology & Evolution , cilt.  35, n o  1,ocak 2020, s.  43-55 ( ISSN  0169-5347 , DOI  10.1016 / j.tree.2019.08.008 , çevrimiçi okuyun )

Daha fazlasını bul

Makale yazmak için kullanılan belge : Bu makale için kaynak olarak kullanılan belge.

Referans bibliyografik kaynaklar

Genel olarak ökaryotlarda Apusozoa'da

Diğer bibliyografik kaynaklar

İnternet kaynakları

İlgili Makaleler