Genomik
Genomik bir disiplindir biyoloji modern ile. Bir organizmanın, bir organın, bir kanserin vb. İşleyişini inceler . tek bir genin ölçeğiyle sınırlı olmak yerine genom düzeyinde .
Genomik iki bölüme ayrılmıştır:
Genomik eşdeğerdir metabolomik için metabolitleri .
Tarih
Bu disiplinin gelişimi , genom sıralama teknikleri ve biyoinformatiğin geliştirilmesi ile kolaylaştırılmıştır .
- içerisinde , 1972 , bir genom ilk gerçek sekanslama okunmasıyla, yayınlanmıştır , RNA sekansının geninin bakteriyofaj virüsü MS2 .
- O çok oldu kamuoyuna sonunda XX inci yüzyıl ilk haritası yayınlaması bilim adamlarının farklı takımları arasında rekabet insan genomunda , üzerinde ortaklaşa açıkladı26 Haziran 2000tarafından Bill Clinton ve Tony Blair .
- O zamandan beri, tam genomları giderek artan sayıda yer serilendirilmelerini çok farklı yaşam türlerinin : solucan Caenorhabditis elegans içinde 1998 , Drosophila sinek ve bitki Arabidopsis thaliana içinde 2000 ve köpek içinde 2005 . In Eylül 2007 tarafından, bir takım liderliğindeki biyolog ve girişimci Craig Venter , bir ilk tam genomunu yayınlanan birey Craig Venter kendisi olur. Eş-keşfeden genom DNA yapısı ve eski müdürü İnsan Genom Projesi , James Watson , aynı anda bütünüyle sıralandı.
Yarar
Nükleotid dizisini bilmek çok sayıda çalışmaya izin verir:
Yapısal genomik
Bu genomik dalı, genomların yapısının tüm analizlerini içerir (burada “yapı” , “genomların organizasyonu” anlamında anlaşılmaktadır ); Bu nedenle ilgili yöntemler, genomların dizilenmesi, genlerin tanımlanması, düzenleyici diziler, tekrarlanan diziler vb.
Genom dizileme
Genomların ek açıklaması
Genom açıklama genomlarının bilgi sekansları tanımlamak için dizilenmesi elde edilen dizilerin bir bilgisayar analizidir. Bu diziler esas olarak genlerdir (buna gen tahmini denir ). Bunların çoğu zaten bilinen genlere benzerlikleri ile tanımlanabilir, ya da sekansı üzerine oturtulmuş tahmininin (bir varlığı açık okuma çerçevesi ile kendini gösteren bir başlangıç kodonu ve çeviri , daha sonra en az 100 kodonlarını ve son olarak bir durdurma kodonu But ayrıca "parçalanmış genler" ( intronlar içeren ) veya fonksiyonel RNA'lar için kodlama vardır , bunlar farklı algoritmalarla tahmin edilmelidir.
Genler, genom açıklamasının tek hedefi değildir, genomlarda başka birçok önemli dizi türü vardır; düzenleyici diziler, dönüştürülebilir öğeler vb.
Fonksiyonel genomik
Genomlar açıklandıktan sonra, bir sonraki adım, tanımlanan bilgilendirici dizilerin işlevinin araştırılması olacaktır. Fonksiyonel genomik, "yüksek verimli" genetik olarak düşünülebilir. Kullanılan teknikler karşılaştırılabilir olacak, ancak genellikle paralel olarak çok sayıda gene uygulanacaktır; bu, örneğin mutantların yaratılması ve bütün bir gen ailesi için fenotiplerinin analizi veya hepsinin ifadesinin analizi olabilir . bütün bir organizmanın genleri .
Genomik araştırma örnekleri
Fransa'da
-
Genoskop : Ulusal Sıralama Merkezi. Génoscope uluslararası projeye Fransız katkı açtı sıralanması insan genomu dizilimi kullanılarak kromozom 14.
-
Genoscreen : Genomik alanında uzmanlaşmış Fransız biyoteknoloji teknolojisi Genoscreen, akademik araştırma ekipleriyle ortaklaşa, nörodejeneratif patolojilerin genetik belirleyicileri araştırması ve yöntemlerin ve araştırmaların geliştirilmesi yoluyla insan sağlığını ilgilendiren çalışmalarda araştırma ve geliştirme programları yürütmektedir. 'Moleküler araçlar. bulaşıcı hastalıklardan sorumlu patojen mikroorganizmaların tiplendirilmesi ve karakterizasyonu için.
Avrupa'da
-
Marine Genomics Europe : Bu Avrupa ağı, deniz genomiklerini geliştirmeyi, bu alandaki araştırmacılar arasında alışverişi teşvik etmeyi ve aynı zamanda popülerleştirme eylemleri geliştirmeyi amaçlamaktadır.
Dünyada
- Yaşam Barkodu projesi : Paul Hebert ( Guelph Üniversitesi ( Ontario )), bilinen her canlı türünü bir işaretleyiciden ( hayvanda , bir gende 648 çift bazdan oluşan bir bölge) potansiyel olarak tanımlayan genetik barkodları kullanarak bir tür tür kitaplığı oluşturmayı önerdi. ( CO1 ) mitokondriyal DNA ). 2007'nin sonunda, 50 ülkeden 160 kuruluş bu projeye katılmıştı, veritabanı halihazırda yaklaşık 33.900 türü tanımlayan 318.000'den fazla dizi içeriyordu. Bu yaklaşımın sınırları vardır ( melezleşme durumunda kafa karışıklığı veya bir tür yakın zamanda ayrışmışsa, türler hakkında bilgi, ancak filogenetik ağaçtaki konumu hakkında bilgi yoktur) ancak izlenebilirlik ihtiyaçları ( sıklıkla satılan balıklar dahil yiyecekler) için ilgi çekicidir. aynı tür için farklı isimler altında), ekoloji , biyoteknoloji endüstrileri için çok sayıda çalışmaya . Bu çalışma aynı zamanda taksonomideki hataları düzeltmeyi de mümkün kılar . Örneğin, tek bir isim aslında pazarlanabilen 3 farklı Avrupa tıbbi sülük türünü ( Hirudo medicinalis , Hirudo verbana dahil ) belirtirken , sadece bir tanesi özellikleri için iyi çalışılmıştır.
Notlar ve referanslar
-
Bakteriyofaj MS2 Kaplama Proteini için Gen Kodlamasının Nükleotid Dizisi
-
BOLD projesi (" Code Bar Of Life ")
-
Hebert P vd. (2003) Proc Roy Soc Lond Ser B 270, 313-21
-
Kaynak: Biofutur, Aralık 2007, n ° 283, sayfa 6
Ayrıca görün
İlgili Makaleler
Dış bağlantılar