001 | Tutkal | İçin | Gln | Isle | Thr | Gly | Bağımsız değişken | Pro | Tutkal | Trp |
011 | Isle | Trp | Leu | İçin | Leu | Gly | Thr | İçin | Leu | Tanışmak |
021 | Gly | Leu | Gly | Thr | Leu | Tyr | Phe | Leu | Val | Zambaklar |
031 | Gly | Tanışmak | Gly | Val | Ser | Asp | Pro | Asp | İçin | Zambaklar |
041 | Zambaklar | Phe | Tyr | İçin | Isle | Thr | Thr | Leu | Val | Pro |
051 | İçin | Isle | İçin | Phe | Thr | Tanışmak | Tyr | Leu | Ser | Tanışmak |
061 | Leu | Leu | Gly | Tyr | Gly | Leu | Thr | Tanışmak | Val | Pro |
071 | Phe | Gly | Gly | Tutkal | Gln | Asn | Pro | Isle | Tyr | Trp |
081 | İçin | Bağımsız değişken | Tyr | İçin | Asp | Trp | Leu | Phe | Thr | Thr |
091 | Pro | Leu | Leu | Leu | Leu | Asp | Leu | İçin | Leu | Leu |
101 | Val | Asp | İçin | Asp | Gln | Gly | Thr | Isle | Leu | İçin |
111 | Leu | Val | Gly | İçin | Asx | Gly | Isle | Tanışmak | Isle | Gly |
121 | Thr | Gly | Leu | Val | Gly | İçin | Leu | Thr | Zambaklar | Val |
131 | Tyr | Ser | Tyr | Bağımsız değişken | Phe | Val | Trp | Trp | İçin | Isle |
141 | Ser | Thr | İçin | İçin | Tanışmak | Leu | Tyr | Isle | Leu | Tyr |
151 | Val | Leu | Phe | Phe | Gly | Phe | Thr | Ser | Zambaklar | İçin |
161 | Glx | Ser | Tanışmak | Bağımsız değişken | Pro | Tutkal | Val | İçin | Ser | Thr |
171 | Phe | Zambaklar | Val | Leu | Bağımsız değişken | Asn | Val | Thr | Val | Val |
181 | Leu | Trp | Ser | İçin | Tyr | Pro | Val | Val | Trp | Leu |
191 | Isle | Gly | Ser | Tutkal | Gly | İçin | Gly | Isle | Val | Pro |
201 | Leu | Asn | Isle | Tutkal | Thr | Leu | Leu | Phe | Tanışmak | Val |
211 | Leu | Asp | Val | Ser | İçin | Zambaklar | Val | Gly | Phe | Gly |
221 | Leu | Isle | Leu | Leu | Bağımsız değişken | Ser | Bağımsız değişken | İçin | Isle | Phe |
231 | Gly | Tutkal | İçin | Tutkal | İçin | Pro | Tutkal | Pro | Ser | İçin |
241 | Gly | Asp | Gly | İçin | İçin | İçin | Thr | Ser | ||
Peptit sekansı, bir bakteriyorodopsin . |
Bakteriyorodopsin küçük olan bir protein , belirli bulunan arkeler de dahil olmak üzere, halobakterilerin bir şekilde bu fonksiyonlar, bir proton pompası kullanılarak ışık enerjisi meydana getirmek gradyanı arasında proton yoluyla membran hücresi .
Bu protein, özellikle halofilik archaea Halobacterium salinarum'un mor zarında bulunur .
Bu 248 amino asitli protein , silindirik simetriye sahip bir homotrimer formundadır. Üç özdeş birimlerinin her biri yedi bir yapıya sahip olan transmembran α sarmalları - adı verilen bir yapı opsin Bindirme - kromofor burada, bir retina molekülü ile bağlantılı lizin 216 tortusu , bir tarafından protonlanmış Schiff bazı .
Molekül genellikle hücre dışı bölge ile hücrenin içi arasında pH'da bir fark oluşturan bir proton pompası gibi davranır , protonların gradyanı da ATP üretimine izin verir .
Hücre dışına proton pompa tarafından tahrik edilir konformasyonel değişiklikler arasında dönüşümlü indüklediği bakteriyorhodopsin olarak uyarılmış 13- cis , 15- sin formu ve tüm- trans , 15- anti formda en temel durum arasında retina. :
Pompalama mekanizması şu şekilde özetlenebilir:
Reprotonize edilen retina, all- trans konfigürasyonunu yeniden kazanır ve iç elektrik yükü yeniden dengelenen protein, ilk konformasyonuna geri döner. Bu foto döngülerin her biri in vivo 10 ila 20 ms sürer .
Bakteriyorhodopsinin basitliği, onu biyoenerjetik çalışmaları ve membran taşınması için bir model haline getirmiştir . Işık darbeleriyle kontrol edilebilen son derece minyatürleştirilmiş bir depolama birimi olarak hizmet edebildiği ölçüde ( molekül başına bir bit oranında, 12 cm çapında bir disk 20 ila 50 TB içerebilir ) veri depolama endüstrisi için de ilgi çekicidir . Bakteriyorodopsin kullanımı, nanoinformatikte yeni ortaya çıkan bir disiplin olan organik moleküler elektroniğin ilk uygulamalarından biridir .