Açık Biyomedikal Ontolojiler veya Açık Biyolojik ve Biyomedikal Ontoloji ( OBO olarak kısaltılmış, eski adıyla Açık Biyolojik Ontolojiler), biyolojik ve tıbbi alanlarda kullanılmak üzere ontolojiler ( terimlerin yönlendirilmiş döngüsel olmayan ağlarda yapılandırılabildiği kontrollü sözlükler ) oluşturma çabasıdır . Orijinal OBO ontolojilerinin bir alt kümesi, 2007'den beri OBO çabalarına öncülük eden OBO Foundry'yi başlatmıştır. 2006 itibariyle, OBO, NCBO'nun BioPortal'ının merkezi bir parçasını oluşturacak olan Ulusal Biyomedikal Ontoloji Merkezi'nin kaynaklarının bir parçasıdır. OBO Foundry konsorsiyumu , OBO ontolojilerini oluşturur ve sürdürür.
OBO Ontoloji Kitaplığı , gelişimde en iyi uygulamaları belirleyen büyüyen bir dizi ilkeyi benimsemeyi önceden kabul eden bir grup ontoloji geliştiricisi arasında işbirliğine dayalı bir deneyim olan OBO Foundry'nin temelini oluşturur . Ontoloji. Bu ilkeler, ontolojilerin daha geniş OBO çerçevesi içinde birlikte çalışabilirliğini teşvik etmek ve ayrıca ontolojilerin kalitesinde ve biçimsel titizliğinde kademeli bir iyileşme sağlamak için tasarlanmıştır. Kütüphane, biyomedikal alanda artan veri ve bilgi entegrasyonu ihtiyaçlarını karşılamanın yollarını tasarlamak için çalışıyor.
Ontoloji arama hizmeti, ontoloji ve kontrollü kelime araştırması için merkezi bir sorgu arayüzü gerektiren PRIDE projesinin bir yan ürünüdür. Birçok OLS aranabilir ontolojiye çevrimiçi olarak ulaşılabilirken, her birinin kendine özgü istek ve çıktı arabirim formatı vardır. OLS, birleşik bir çıktı formatıyla tek bir konumdan birden çok ontolojiyi sorgulamak için bir web hizmetleri arabirimi sağlar.
Hedefi Gen Ontolojinin (GO) hücreleri birikir ve değişiklikleri gen ve proteinlerin fonksiyonları bilgisi gibi, bütün organizmalara uygulanabilir kontrollü kelime üretmektir. GO, gen ürününün özelliklerini tanımlamak için üç yapılandırılmış tanımlı terim ağı sağlar.
Sekans ontolojisi (SO), Gene Ontoloji projesinin bir parçasıdır ve amaç, biyolojik sekansların tanımına uygun bir ontoloji geliştirmektir. WormBase, Berkeley Drosophila Genom Projesi, FlyBase, Fare Genom Bilişim grubu ve Sanger Enstitüsü dahil olmak üzere genom açıklama merkezlerinin ortak bir çabasıdır.
Jenerik Model Organizma Veritabanı (GMOD), uygun yeniden kullanılabilir bileşenleri geliştirmek için model organizma veritabanı sistemi WormBase, FlyBase, Fare Genom Bilişim, Gramene, Sıçan Genom Veritabanı, EcoCyc ve Arabidopsis Bilgi Kaynağı'nın ortak çabasıdır. biyoloji topluluğu için yeni veri tabanlarının oluşturulması.
SOFG hem bir toplantı aracı hem de bir web sitesidir; Yüksek verimli fonksiyonel genomik deneylerin tanımını iyileştirmek için standartlar ve ontolojiler geliştiren ve kullanan biyologları, biyoinformatisyenleri ve bilgisayar bilimcilerini bir araya getirmeyi amaçlamaktadır.
FGED, fonksiyonel genomik deneyler tarafından üretilen DNA mikrodizi verilerinin değişimini kolaylaştırmayı amaçlayan, biyologlar, bilgisayar bilimcileri ve veri analistlerinden oluşan uluslararası bir organizasyondur.
Biyomedikal Araştırmalar için Ontoloji (OBI), biyolojik ve klinik araştırmaların tanımı için entegre, açık erişimli bir ontolojidir. OBI, bir anketin tasarımı, kullanılan protokoller ve araçlar, kullanılan malzemeler, üretilen veriler ve üzerinde gerçekleştirilen analiz türü için bir şablon sağlar. Proje, OBO dökümhanesi çerçevesinde geliştirildi ve bu nedenle ortogonal kapsam (yani dökümhane üyelerinin diğer ontolojilerinin net bir tasviri) ve ortak bir resmi dil kullanımı gibi tüm ilkelere bağlı kalıyor. OBI'da kullanılan ortak biçimsel dil Web Ontology Language'dir (OWL).
Bitki Ontoloji Konsorsiyumu (POC), bitki yapılarını ve büyüme / gelişme aşamalarını tanımlayan yapılandırılmış kontrollü sözcük dağarcığı (ontolojiler) geliştirmeyi, düzenlemeyi ve paylaşmayı amaçlamaktadır. Bu çaba sayesinde proje, doku ifadesinin açıklamasında ve / veya genlerin, proteinlerin ve fenotiplerin büyüme aşamasına özgü bu kelime dağarcığının sürekli kullanımını teşvik etmek için veri tabanlarına derinlemesine bir danışmayı kolaylaştırmayı amaçlamaktadır.
Phenoscape, büyük bir teleost balık grubu olan Ostariophysi'deki türler için fenotipik bir veritabanı geliştirme projesidir. Veriler, bir anatomi ontolojisinden, ilişkili bir taksonomik ontolojiden ve fenotipik niteliklerin PATO ontolojisinden kalite terimlerini birleştiren açıklamalar kullanılarak toplandı. Diğer çeşitli OBO ontolojileri de kullanılmaktadır. Anatomi Ontolojisi, Zebra balığı Bilgi Ağı tarafından geliştirilen Zebra balığı Anatomi Ontolojisinden geliştirilmiştir.
Topluluk çabasının bir parçası olarak, açık biyomedikal ontolojiler (OBO) ve OWL arasında kayıpsız gidiş dönüş dönüşümleri için ortak bir standart haritalama oluşturuldu. Anket, Anlamsal Web yığınına benzer şekilde her bir OBO yapısının metodik bir incelemesini içerir.