PyMOL
PyMOL
PyMOL'un grafik arayüzleri. Yazılım ayrıca komutlar biçiminde talimatlar da alabilir.
| Tarafından geliştirildi | Schrödinger |
|---|---|
| İlk versiyon | 2010 |
| Son sürüm | 2.3.3 (Ağustos 21, 2019) |
| Depozito | github.com/schrodinger/pymol-open-source |
| Yazılmış | Python |
| Arayüz | PyQt |
| İşletim sistemi | Çoklu platform |
| Çevre | Çapraz platform |
| Biçimleri okuyun | Protein Veri Bankası ( en ) ve CCP4 ( en ) |
| Diller | Çok dilli |
| Tür | Kemo-bilişim |
| Lisans | Python lisansı |
| İnternet sitesi | PyMOL web sitesi |
PyMOL , Warren DeLano tarafından oluşturulan ücretsiz bir 3B kimyasal yapı görselleştirme yazılımıdır. Esas olarak kimya ve yapısal biyoloji alanında öğrenciler, profesörler ve araştırmacılar tarafından kullanılmaktadır . Python'da geliştirilmiştir ve çapraz platformdur. Böylelikle Windows, Mac OS X, Linux ve Unix sistemlerinde çalışır. Bu yazılım düzenli olarak bilimsel yayın için yüksek kaliteli 3 boyutlu görüntüler üretmek için kullanılır. Yazara göre, bilimsel literatürde yayınlanan 3 boyutlu protein görüntülerinin yaklaşık dörtte biri PyMOL ile yapılıyor.
Modları görüntüleme
PyMOL yazılımı birçok görüntüleme modunu destekler:
- Tel: İki atom arasındaki bağlar, rengi temsil edilen atomik elementi gösteren bir tel ile temsil edilir. Bu görselleştirme yararlıdır çünkü çok hafiftir ve örneğin daha detaylı ve uzun bir görsel sunum üretmeden önce molekülü istenen doğrultuda konumlandırmayı mümkün kılar.
- Top ve çubuk: gösterim tel görüntüsüne benzer ancak "daha kalın". Genellikle ligandları ( örneğin bir protein ile etkileşime giren DNA veya diğer organik molekülleri temsil etmek için kullanılır .
- CPK dolgusu: protein atomlar olarak temsil edilir ve ölçeğe göre bağlar. Bu temsil, geleneksel moleküler modellerin renklerine saygı duyar .
- Şerit: Proteinin ana zincirinin deformasyonu, küresel olarak uzayda bozulmuş bir şeritle temsil edilir. Bu mod, özellikle görselleştirmeye bazı ilgi çekici unsurlar eklersek kullanışlıdır.
- Karikatür: Bu gösterim, ana zincirin düzeninin uzayda bir şeritle temsil edilmesi anlamında şerit gösterimine benzer, ancak ikincil yapıları vurgular . Bu nedenle alfa helisleri ve beta sayfalarını sırasıyla helisler ve oklar şeklinde açıkça görselleştiriyoruz . Döngüler basit şeritle temsil edilir.
- Yüzey: Protein, çözücü tarafından erişilebilen bölgeleri (genel olarak su) ve molekülün daha fazla iç bölgesini sınırlayan sanal bir yüzeyle "sarılmış" gibidir. Bu yüzeyin hesaplanması ve ardından grafik gösterimi, hesaplama kaynaklarında açgözlüdür.
Desteklenen dosyalar
PyMOL, kimya ve biyolojinin çeşitli alanlarında kullanılmasıyla, çeşitli dosya türlerini destekler:
- yapı (PDB, CIF, MOL, SDF, MOL2 ...);
- elektronik yoğunluk haritası (x-plor, küp ...);
- biyolojik sekans (fasta ...).
Ayrıca görün
İlgili Makaleler
Dış bağlantılar
- (tr) Resmi site
- (tr) Wiki