RmYN02

Yarasa SL-CoV-RmYN02 Sınıflandırma
Tür Virüs
Alan Riboviria
Saltanat Orthornavirae
Şube Pisuviricota
Sınıf Pisoniviricetes
Sipariş Nidoviraller
Alttakım Cornidovirineae
Aile Coronaviridae
Alt aile Ortocoronavirinae
Tür Betacoronavirüs
Alt tür Sarbecovirus
Türler SARSr-CoV

Form

Yarasa SL-CoV-RmYN02
 

Filogenetik sınıflandırma

Durum:

SARS-bağlantılı RmYN02 Bat Koronavırusu veya Bat SL-CoV RmYN02 bir olduğunu betacoronavirus bozar yarasa Rhinolophus malayanus . Bu suş arasında ağır akut solunum yolu sendromu ile bağlantılı koronavirüs keşfedilmiştir bat pisliği Mayıs arasında toplananekim 2019Mengla xian , Yunnan eyaleti , Çin'deki sitelerde .

Bu, Covid-19'dan sorumlu virüs suşu olan SARS-CoV-2'nin ikinci en yakın suşu olup , genom viral dolu boyunca % 93,3 kimlik nükleotidi paylaşmaktadır . SL-CoV RmYN02 bir içeren ekleme S1 / S2 bölünme yerinde çivi proteini olarak, SARS CoV-2 gibi sokma olgularının yayınlanan bir makalede konusu yapılan, doğal olarak oluşabilir düşündüren, Nature bilim adamları tarafından en Viroloji Wuhan Enstitüsü .

Filogenetik pozisyon

Filogenetik ağaç bağlantılı coronavirüs şube SARS-CoV-2 aşağıdaki gibidir:



Rc-o319 , SARS-CoV-2'nin% 81'ine yakın, Rhinolophus cornutus , Iwate , Japonya




SL-ZXC21,% 88, Rhinolophus pusillus , Zhoushan , Zhejiang


SL-ZC45,% 88, Rhinolophus pusillus , Zhoushan , Zhejiang




SARSr-CoV-GX,% 89, Manis javanica , Güneydoğu Asya



SARSr-CoV-GD,% 91, Manis javanica , Güneydoğu Asya




RshSTT182,% 92.6, Rhinolophus shameli , Stoeng Treng , Kamboçya


RshSTT200,% 92.6, Rhinolophus shameli , Stoeng Treng , Kamboçya




RacCS203 ,% 91,5, Rhinolophus acuminatus , Chachoengsao , Tayland


RmYN02 ,% 93.3, Rhinolophus malayanus , Mengla , Yunnan




RaTG13 ,% 96.1, Rhinolophus affinis , Mojiang , Yunnan


SARS-CoV-2 (100%)









SARS-CoV -1,SARS-CoV-2'ye % 79 yakın


Keşif

Yarasa SL-CoV-RmYN02 , Çin'in Yunnan Eyaletindeki Mengla xian'daki 227 yarasadan alınan 302 dışkı örneğinin analizine dayanarak , Wuhan Viroloji Enstitüsü tarafından Mayıs ve Ekim 2019 arasında toplandı .

Ayrıca görün

Notlar ve referanslar

  1. (tr) Susanna KP Lau, Patrick CY Woo, Kenneth SM Li, Yi Huang, Hoi-Wah Tsoi, Beatrice HL Wong, Samson SY Wong Suet Yi Leung, Kwok-Hung Chan ve Kwok-Yung Yuen , "  Şiddetli akut solunum sendromu Çin at nalı yarasalarında koronavirüs benzeri virüs  ” , Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildiriler Kitabı , cilt.  102, n o  39, 27 Eylül 2005, s.  14040-14045 ( PMID  16169905 , PMCID  1236580 , DOI  10.1073 / pnas.0506735102 , JSTOR  3376824 , Bibcode  2005PNAS..10214040L , çevrimiçi okuyun )
  2. (inç) Conrad L. Schoch, Stacy Ciufo Mikhail Domrachev Carol L. Hotton, Sivakumar Kannan Rogneda Khovanskaya Detlef Leipe Richard Mcveigh Kathleen O'Neill, Barbara Robbertse, Shobha Sharma, Vladimir Soussov John P Sullivan Lu Sun, Seán Turner ve Ilene Karsch -Mizrachi , "  NCBI Taksonomisi: iyileştirme, kaynaklar ve araçlar hakkında kapsamlı bir güncelleme  " , Veritabanı , cilt.  2020, 6 Ağu 2020, öğe n o  baaa062 ( PMID  32761142 , PMCID  7408187 , DOI  10.1093 / veritabanı / baaa062 , çevrimiçi okuma )
  3. (inç) Maciej F. Boni, Philippe Lemey, Jiang Xiaowei, Tommy Tsan Yuk-Lam, Blair W. Perry, Todd A. Castoe Andrew Rambaut ve David L. Robertson , "  SARS-CoV-2 sarbecovirus soyunun evrimsel kökenleri COVID-19 pandemisinden sorumlu  ” , Nature Microbiology , cilt.  5, n o  11, Kasım 2020, s.  1408-1417 ( PMID  32724171 , DOI  10.1038 / s41564-020-0771-4 , çevrimiçi okuyun )
  4. Hong Zhou , Xing Chen , Tao Hu , Juan Li , Hao Şarkısı , Yanran Liu , Peihan Wang , Di Liu Jing Yang , Edward C. Holmes ve Alice C. Hughes , “  Yeni Bir Yarasa Koronavırusu Yakından İlgili SARS-CoV-2 Spike Proteininin S1 / S2 Bölünme Bölgesinde Doğal Eklemeler İçerir  ”, Current Biology , cilt.  30, n o  11,8 Haziran 2020, s.  2196–2203.e3 ( ISSN  1879-0445 , PMID  32416074 , PMCID  7211627 , DOI  10.1016 / j.cub.2020.05.023 )
  5. (en) S Wacharapluesadee , CW Tan , P Maneeorn , P Duengkae , F Zhu , Y Joyjinda , T Kaewpom , WN Chia , W Ampoot , BL Lim , K Worachotsueptrakun , VC Chen , N Sirichan , C Ruchisrisarod , A Rodpan , K Noradechanon , T Phaichana , N Jantarat , B Thongnumchaima , C Tu , G Crameri , MM Stokes , T Hemachudha ve LF Wang , "  Güneydoğu Asya'da yarasalar ve pangolinlerde dolaşan SARS-CoV-2 ile ilgili koronavirüsler için kanıt.  " , Nature Communications , cilt.  12, n o  1,9 Şubat 2021, s.  972 ( PMID  33563978 , PMCID  7873279 , DOI  10.1038 / s41467-021-21240-1 )
  6. (en) Vibol Hul , Deborah Delaune , Erik A. Karlsson , Alexandre Hassanin , Putita Ou Tey , Artem Baidaliuk , Fabiana Gámbaro , Vuong Tan Tu , Lucy Keatts , Jonna Mazet , Christine Johnson , Philippe Buchy , Philippe Dussart Tracey Goldstein Etienne Simon Lorière ve Veasna Duong , “  Kamboçyaçıkışlı bitler olarak hazırlanmış yeni bir SARS CoV-2 ile ilgili koronavirüs  ” ile, bioRxiv ,26 Ocak 2021( DOI  10.1101 / 2021.01.26.428212 ) ,s.  2021.01.26.428212
  7. (inç) Shin Murakami , Tomoya Kitamura , Jin Suzuki , Ryouta Sato , Toshiki Aoi , Marina Fujii , Hiromichi Matsugo Haruhiko Kamiki , Hiroho Ishida Akiko Takenaka-Uema Masayuki Shimojima ve Taisuke Horimoto , "  Bat Sarbecovirus'un filogenetik olarak SARS ile İlgili Algılama ve Karakterizasyonu -CoV-2, Japonya  ” , Emerging Infectious Diseases , cilt.  26, n o  12,Aralık 2020, s.  3025–3029 ( DOI  10.3201 / eid2612.203386 )
  8. (tr) Hong Zhou , Xing Chen , Tao Hu , Juan Li , Hao Şarkı , Yanran Liu , Peihan Wang , Di Liu Jing Yang , Edward C. Holmes , Alice C. Hughes , Yuhai Bi ve Weifeng Shi , "  SARS-CoV-2 ile Yakından İlişkili Yeni Bir Yarasa Koronavirüsü Başak Proteininin S1 / S2 Bölünme Bölgesinde Doğal Eklemeler İçeriyor  " , Current Biology , cilt.  30, n o  11,Haziran 2020, s.  2196–2203.e3 ( DOI  10.1016 / j.cub.2020.05.023 )
  9. (en) Tommy Tsan-Yuk Lam , Na Jia , Ya-Wei Zhang , Marcus Ho Hin Shum , Jia-Fu Jiang , Hua Chen Zhu , Yi-Gang Tong , Yong-Xia Shi , Xue-Bing Ni , Yun -Shi Liao , Wen-Juan Li , Bao-Gui Jiang , Wei Wei , Ting-Ting Yuan , Kui Zheng , Xiao-Ming Cui , Jie Li , Guang-Qian Pei , Xin Qiang , William Yiu-Man Cheung , Lian-Feng Li , Fang-Fang Sun , Si Qin , Ji-Cheng Huang , Gabriel M. Leung , Edward C. Holmes , Yan-Ling Hu , Yi Guan ve Wu-Chun Cao , "  Malaya pangolinlerinde SARS-CoV-2 ile ilgili koronavirüslerin belirlenmesi  " , Nature , cilt.  583, n o  7815,9 Temmuz 2020, s.  282–285 ( DOI  10.1038 / s41586-020-2169-0 )
  10. (in) Ping Liu Jing Zhe Jiang , Xiu-Feng Wan , Yan Hua , Linmiao Li , Jiabin Zhou , Xiaohu Wang , Fanghui Hou , Jing Chen , Jiejian Zou ve Jinping Chen , "  pangolins 2019 roman arakonak Are koronavirüs (SARS-CoV-2)?  » , PLOS Patojenleri , cilt.  16, n o  5,14 Mayıs 2020, e1008421 ( DOI 10.1371 / dergi.ppat.1008421 ) 
  11. (en) H Zhou , X Chen , T Hu , J Li , H Song , Y Liu , P Wang , D Liu , J Yang , EC Holmes , AC Hughes , Y Bi and W Shi , "  A Novel Bat Coronavirus Closeely Related SARS-CoV-2'ye kadar Spike Proteininin S1 / S2 Bölünme Bölgesinde Doğal Eklemeler İçerir.  » , Güncel biyoloji: CB , cilt.  30, n o  11,8 Haziran 2020, s.  2196-2203.e3 ( PMID  32416074 , DOI  10.1016 / j.cub.2020.05.023 )
  12. (tr) Zhou P, Yang XL, Wang XL, Hu B, Zhang L, Zhang W, Si HR, Zhu Y, Li B, Huang CL, Chen HD, Chen J, Luo Y, Guo H, Jiang RD, Liu MQ, Chen Y, Shen XR, Wang X, Zheng XS, Zhao K, Chen QJ, Deng F, Liu LL, Yan B, Zhan FX, Wang YY, Xiao GF, Shi ZL, "  Ek: muhtemel yarasa kökenli yeni koronavirüs  ” , Nature , cilt.  588, n o  7836,Aralık 2020, E6 ( PMID  33199918 , DOI  10.1038 / s41586-020-2951-z , çevrimiçi okuyun )