biyoinorganik kimya


Biyoinorganik kimyası (ya da inorganik biyokimya veya inorganik biyokimya) arabirimi bir bilimsel uzmanlık kimya - biyoloji arasında daha kesin olarak bulunur, biyokimya ve İnorganik kimya (kimyası metal elemanlar ).

Biyolojik sistemlerde metal atomları içeren kimyasal türlerle ilgilenmektedir . Biyoinorganik kimya da ilgilenen bir sentez içinde yapay kompleksleri (biz söz bu durumda faaliyetlerini çoğaltmak bile biyolojik sistemlerin işleyişi, ya anlamak için biomimetic kimyası ).

Tarihsel örnekler

Paul Ehrlich , sifiliz tedavisi için arsenik bileşikleri kullandı ve tıpta metalik elementlerin (bu durumda arsenik bir metaloiddir ) kullanılmasının uygunluğunu gösterdi . Keşfiyle Bu strateji meyvesini anti-kanser aktivitesi arasında sisplatin (sis-PTCL 2 (NH 3 ) 2 ).

Kristalleşen ilk protein üreazdı . Bu proteinin daha sonra aktif bölgede nikel içerdiği gösterildi . Dorothy Hodgkin gösterdi kristalografik bu vitamin B 12 kompleks ihtiva makrosikle arasında kobalt .

DNA yapısının keşfi, Watson ve Crick'in tarafından yapılandırılması rolünü göstermiştir fosfat birimleri polimer formunda uygulanabilir.

Biyolojide Metaller

Biyoinorganik kimya, çeşitli farklı sistemlerle ilgilidir. Bu alanlar metal iyonlarının taşınması ve depolanmasını, metalloenzimleri içerir: hidrolitik metalloenzimler, elektron transfer metaloproteinleri, dioksijenin taşınması ve aktivasyonu için kullanılan metalloproteinler ve ayrıca biyoorganometalik sistemler (metal- karbon bağı ile ). Biyoinorganik kimya, biyolojik sistemlerde metalik katyonların dinamiğinin incelenmesi ve metalik elementlere dayalı ilaçların tasarımı ile de ilgilenmektedir .

Ulaşım

Metal iyonlarının taşınması ve depolanması, iyon kanalları, iyon pompaları (örneğin NaKATPase ) ve amacı hücrelerdeki metal katyonlarının konsantrasyonunu kontrol etmek olan diğer proteinler veya küçük moleküller ( sideroforlar gibi ) ile ilgilidir.

Wilson hastalığı gibi çeşitli hastalıklar metal katyon homeostazının bozulmasından kaynaklanır . Wilson hastalığı durumunda, Cu (II)'dir.

elektron transferi

Elektron transfer metalloproteinleri üç ana kategoriye ayrılabilir:

Bu proteinler, nikotinamid adenin dinükleotidi (NAD) ve flavin adenin dinükleotidi (FAD) gibi metalik olmayan elektron taşıyıcılara bağlanır .

Kataliz

radikal SAM Hidrolitik metalloenzimler

Hidrolitik metalloenzimler proteinler, katalize reaksiyonlar arasında hidrolizi . Bu enzimlerin katalitik döngüsünde su , belirli ara ürünlerdeki metal katyonu için bir ligand görevi görür . Bu protein sınıfının örnekleri, karbonik anhidraz , metallofosfatazlar ve metalloproteinazlardır ( karboksipeptidaz gibi ).

Fotosentez Küçük moleküllerin taşınması ve aktivasyonu dioksijen

Oksijen taşıma ve aktivasyon metalloproteinleri , demir , bakır veya manganez gibi metalik elementler kullanır . Heme tarafından kullanılan kırmızı kan hücreleri içinde hemoglobin . Oksijen taşınması için kullanılan diğer metalloproteinler miyoglobin , hemosiyanin ve hemeritrindir . Oksidazlar ve Oksijenazlar kullanımı en canlı organizmalarda bulunan oksijen gibi serbest bırakılması gibi önemli işlevleri gerçekleştirmek için enerji ile sitokrom c oksidaz sistemi ile ya da küçük moleküllerin oksidasyonu sitokrom P450 oksidaz / sitokrom P450 veya metan monooksigenazı . Diğer metalloproteinler, canlı organizmaları oksidatif strese karşı korumaya yöneliktir . Bu sistemler peroksidazlar , katalazlar ve süperoksit dismutazları içerir . Fotosentez bağlamında , suyun oksidasyonu için 4 manganez iyonundan oluşan aktif bir bölge kullanılır .

Nitrojen döngüsü

Metabolizması ve azot metalik unsurları kullanır. Nitrogenaz (enzim molibden ve demir) ile ilişkilendirilir metabolizma arasında azot . Daha yakın bir zamanda , kardiyovasküler ve nöronal önemi ve nitrik oksit (NO) keşfedilmiştir. NO, hem grubu içeren bir protein olan NO sentaz tarafından üretilir .

dihidrojen

Dihidrojen bakteriyel dünyasında çok önemli bir enerji taşıyıcısıdır. Öncelikle nitrojenaz veya fermantasyon yoluyla nitrojen indirgemesinin bir yan ürünü olarak üretilir . Ancak hidrojen (dioksijenden farklı olarak) doğada birikmez, çünkü ya üretildiği bakterilerde ya da aynı ortamda yaşayan bakterilerde hemen yeniden oksitlenir. Olarak , sülfat indirgen anaerobik bakteri , elektronlar aktarılır sülfat  ; "knallgas" bakterisinde elektronları kabul eden dioksijendir . Bu redoks reaksiyonu , biyoenerjetik metabolizma ile bağlantılıdır: solunum yoluyla ATP sentezi .

Moleküler bir bakış açısından, hidrojenazlar olarak adlandırılan üç tip metalloenzim, metalik elementler olarak sadece demir ve bazı durumlarda nikel içeren inorganik aktif bölgeler sayesinde dihidrojeni metabolize eder . Diğer birçok geçiş elementi, sentetik katalizörlerde hidrojeni aktive edebilir, ancak demir ve nikel doğada özellikle bol miktarda bulunur.

Üç aktif bölge yapısı, üç hidrojenaz ailesini tanımlar. "Demir" hidrojenazlar (uzun süredir " demirsiz hidrojenazlar" olarak anılmaktadır) meteniltetrahidrometanopterinin (metenil-H4MPT+) hidrojenasyonunu katalize ederek bakteriyel metanojenezde yer alan bir reaksiyon olan metilen-H4MPT'yi oluşturur . “FeFe” ve “NiFe” tipi Catalyze hidrojenaz oksidasyon ve / veya dihidrojen üretimi: 2H + + 2e - = H 2 . Demir iyonu manganez ile değiştirildiğinde "demir" hidrojenaz aktivitesini korur.

Hidrojenazlar 50 kDa ile 600 kDa arasında moleküler kütleye sahiptir ve bir ila on sekiz proteinden oluşur (bunlar daha sonra aktif bölgeye ek olarak birçok kofaktör içeren çok işlevli bir kompleks içinde birleştirilir ).

Karbon dioksit Biyoorganometalik sistemler

Hidrojenazlar ve metilkobalamin gibi biyoorganometalik sistemler organometalik kimyanın biyolojik örnekleridir .

Ayrıca titanosen Y  (en) gibi bazı organometalik bileşikler de ilaç olarak kabul edilir.

Tıptaki uygulamalar

Metal elementlere dayalı tıbbi ürünlerin en iyi bilinen örnekleri, kanser tedavisi bağlamında sisplatin ve MRI için Gd (III) bazlı kontrast ajanlarıdır .

İlaçlar görüntüleme

yapay sistemler

Biyo-ilham kompleksleri

Yapay metalloenzimler

yapay fotosentez

Biyolojide metalleri incelemek için teknikler

Biyokimya ve moleküler biyoloji

yapısal teknikler

  • kristalografi
  • NMR
  • CryoEM

spektroskopiler

Teorik Kimya

  • DFT
  • moleküler dinamikler

Kimyasal kinetik ve elektrokimya

  • elektrokimya
  • Redoks titrasyonları

Şuna da bakın:

Dış bağlantılar

bibliyografya

  • (tr) Ivano Bertini, Harry B. Gray, Edward I. Stiefel, Joan Selverstone Valentine, Biological Inorganic Chemistry , University Science Books, 2007, ( ISBN  1-891389-43-2 )
  • (tr) Rosette M. Roat-Malone, Bioinorganic Chemistry: A Short Course , Wiley-Interscience , 2002, ( ISBN  0-471-15976-X )
  • Stephen J. Lippard, Jeremy M. Berg, Principles of Mineral Biochemistry , De Boeck-Wesmael, 1997, ( ISBN  2-8041-2517-3 )
  • (tr) Wolfgang Kaim, Brigitte Schwederski, Bioinorganic Chemistry: Inorganik Elements in the Chemistry of Life , John Wiley & Sons, 1994, ( ISBN  0-471-94369-X )
  • (tr) Lawrence Que, Jr., ed., Physical Methods in Bioinorganic Chemistry , University Science Books, 2000, ( ISBN  1-891389-02-5 )
  • (tr) JJR Frausto da Silva ve RJP Williams elemanların biyolojik kimya: yaşam inorganik kimya , 2 nci  baskı. , Oxford University Press , 2001, ( ISBN  0-19-850848-4 )

Referanslar

  1. (tr) Jing Liu , Saumen Chakraborty , Parisa Hosseinzadeh ve Yang Yu , "  Sitokrom İçeren metalloproteinlerdir, Demir-Kükürt, Altın Bakır Redoks Merkezleri  " , Chemical Reviews , uçuşu.  114, n o  8,23 Nisan 2014, s.  4366–4469 ( ISSN  0009-2665 ve 1520-6890 , PMID  24758379 , PMCID  PMC4002152 , DOI  10.1021 / cr400479b , çevrimiçi okuma , erişim tarihi 26 Mart 2021 )
  2. Hui-Jie Pan , Gangfeng Huang , Matthew D. Wodrich ve Farzaneh Fadaei Tirani , “  Yerli olmayan bir metal kofaktör içeren katalitik olarak aktif [Mn] -hidrojenaz  ”, Nature Chemistry , cilt.  11, n o  7,temmuz 2019, s.  669–675 ( ISSN  1755-4349 , PMID  31110253 , PMCID  6591119 , DOI  10.1038 / s41557-019-0266-1 , çevrimiçi okuma , erişim tarihi 22 Mayıs 2021 )
  3. (in) Keith S. Wilson , "X Işını Kristalografide An Introduction" in ELS , Amerikan Kanser Topluluğu,2018( ISBN  978-0-470-01590-2 , DOI  10.1002 / 9780470015902.a0025432 , çevrimiçi okuyun ) , s.  1-16
  4. Ivano Bertini , Paola Turano ve Alejandro J. Vila , “  Nükleer manyetik rezonans of paramagnetic metalloproteins  ”, Chemical Reviews , cilt.  93, n, o  , 8,1 st Aralık 1993, s.  2833–2932 ( ISSN  0009-2665 , DOI  10.1021 / cr00024a009 , çevrimiçi okuma , erişim tarihi 26 Mart 2021 )
  5. (içinde) Ivano Bertini , Claudio Luchinat Giacomo Parigi ve Roberta Pierattelli , "  Paramagnetic metalloproteinlerin NMR Spektroskopisi  " , ChemBioChem , cilt.  6, n o  9,2005, s.  1536–1549 ( ISSN  1439-7633 , DOI  10.1002 / cbic.200500124 , çevrimiçi okuma , erişim tarihi 26 Mart 2021 )
  6. (içinde) Patrick Bertrand , Elektron Paramanyetik Rezonans Spektroskopisi: Temel Bilgiler , Springer International Publishing,2020( ISBN  978-3-030-39662-6 , çevrimiçi okuyun )
  7. (içinde) Patrick Bertrand , Elektron Paramanyetik Rezonans Spektroskopisi: Uygulamalar , Springer International Publishing,2020( ISBN  978-3-030-39667-1 , çevrimiçi okuyun )
  8. Wilfred R Hagen , “  Metallomic EPR spektroskopisi  ”, Metallomics , cilt.  1, n o  5,1 st Eylül 2009, s.  384–391 ( ISSN  1756-5901 , DOI  10.1039 / b907919j , çevrimiçi okuma , erişim tarihi 26 Mart 2021 )
  9. (in) Wilfred R. Hagen , "  Biyolojik sistemlerde metal merkezlerin sondası olarak EPR spektroskopisi  " , Dalton İşlemleri , n o  37,15 Eylül 2006, s.  4415-4434 ( ISSN  1477-9234 , DOI  10.1039 / B608163K , çevrimiçi okuma , erişim tarihi 26 Mart 2021 )
  10. (içinde) Maxie Mr. Roessler ve Enrico Salvadori , "  Kimya bilimlerinde EPR spektroskopisinin ilkeleri ve uygulamaları  " , Chemical Society Reviews , cilt.  47, n o  8,23 Nisan 2018, s.  2534–2553 ( ISSN  1460-4744 , DOI  10.1039 / C6CS00565A , çevrimiçi okuma , erişildi 26 Mart 2021 )
  11. (tr) "  Fe / S proteinlerinin Mössbauer spektroskopisi  " , Biochimica et Biophysica Açta (BBA) - Molecular Cell Research , Cilt.  1853 , n O  , 6,1 st Haziran 2015, s.  1395–1405 ( ISSN  0167-4889 , DOI  10.1016 / j.bbamcr.2014.12.005 , çevrimiçi okuma , erişim tarihi 26 Mart 2021 )
  12. (in) Frank Neese , "  Biyoinorganik Kimyaya uygulanan zamana bağlı DFT dahil, DFT'nin kritik bir değerlendirmesi  " , JBIC Journal of Biological Inorganic Chemistry , Cilt.  11, n o  6,1 st Eylül 2006, s.  702-711 ( ISSN  1432-1327 , DOI  10.1007 / s00775-006-0138-1 , çevrimiçi okuma , erişim tarihi 26 Mart 2021 )
  13. (içinde) Frank Neese , "  Moleküler özelliklerin ve moleküler spektroskopinin yoğunluk fonksiyonel teorisi ile tahmin edilmesi: Temel teoriden değişim-bağlanmaya  " , Koordinasyon Kimyası İncelemeleri , Koordinasyon Kimyasında Çağdaş Teori ve Hesaplama, cilt.  253, n o  5,1 st Mart 2009, s.  526-563 ( ISSN  0010-8545 , DOI  10.1016 / j.ccr.2008.05.014 , çevrimiçi okuma , erişim tarihi 26 Mart 2021 )
  14. (in) Frank Neese William Ames , Gemma Hıristiyan ve Mario Kampa , "Bir Teorik Açıdan Açık Shell Geçiş Metal Kimya Karmaşıklık ile başa çıkmak: Tepki Pathways, Yapıştırma, Spektroskopisi, Ve Manyetik Özellikleri" in Advances Anorganik Kimya , uçuş .  62, Academic Press, col.  "Teorik ve Hesaplamalı Anorganik Kimya",1 st Ocak 2010( çevrimiçi okuyun ) , s.  301–349
  15. (in) Frank Neese , "  Yüksek Düzeyli Spektroskopi, Kuantum Kimyası ve Kataliz: Sadece Geçen Bir Fad Değil  " , Angewandte Chemie International Edition , Cilt.  56, n o  37,2017, s.  11003–11010 ( ISSN  1521-3773 , DOI  10.1002 / anie.201701163 , çevrimiçi okuma , erişim tarihi 26 Mart 2021 )