RpYN06

Bu makale virüsler hakkında bir taslaktır .

İlgili projelerin tavsiyelerine göre bilginizi geliştirerek ( nasıl ? ) paylaşabilirsiniz .

BatCov RpYN06 sınıflandırma
Tip Virüs
Alan adı ribovirya
Saltanat ortornavirler
Dal Pisuviricota
Sınıf Pisoniviricetes
Emir Nidoviraller
Alttakım kornidovirineae
Aile Coronavirüs
alt aile ortokoronavirin
Tür Betakoronavirüs
alt tür Sarbekovirüs
Türler SARSr-CoV

Biçim

Yarasa SL-CoV RpYN06
 

filogenetik sınıflandırma

Konum:

SARS- bağlantılı Rp YN 06 yarasa coronavirüs bir olduğunu betacoronavirus bozar o yarasa Rhinolophus pusillus .

%94,5 dizi özdeşliği ile SARS-CoV-2'nin bilinen en yakın ikinci akrabasıdır ( RaTG13'ten sonra ). Aslında genomun çoğunda SARS-CoV-2'ye en yakın ilişkili koronavirüstür, ancak speküler proteininde (S) ondan daha güçlü bir şekilde farklıdır (ilgili koronavirüsler RmYN02 , ZC45 , ZXC21'de zaten gözlemlenen bir model ).

Tanım

411 yarasa örneklerinin toplanması toplanan Mengla arasında Xian , Çin arasındaki,Mayıs 2019 ve kasım 2020, 24 tam koronavirüs genomunu restore etmeyi ve SARS-CoV -1 ile ilgili 3 yeni koronavirüsü (RsYN03, RmYN07, RsYN09) ve RpYN06 ve diğer 3 tanesini (RsYN04, RmYN05) dahil olmak üzere SARS-CoV-2 ile ilgili 4 kişiyi daha tanımlamayı mümkün kıldı. , RmYN08).

RpYN06, genomun şu bölümlerinde SARS-CoV-2'ye en yakın bilinen koronavirüstür: ORF1ab, ORF7a, ORF8, N ve ORF10. Öte yandan, protein S'nin (SARS-CoV-2'nin insan ACE2 reseptörüne bağlanmasına izin veren) reseptör bağlama alanı (RBD) açısından ondan büyük ölçüde farklıdır .

Coronavirüsler RsYN03, RmYN07 ve RsYN09 ona zayıf bir şekilde bağlanabilir. Aslında SARS-CoV-2 ile, ikincisinin kendisine bağlanmasına izin vermek için yararlı olduğu düşünülen altı amino asitten ikisini (L455 ve Y505) paylaşırlar. Öte yandan, RpYN06'da yalnızca bir tane bulunur: Y505.

RpYN06 ve SARS-CoV-2 koronavirüs genleri arasındaki benzerlik.
ORF Nükleotidlerde benzerlik
ORF1a %97.05
ORF1b
S RBD
 %
76,33 %60,91
RdRp %98.36
E
m
NS6 / ORF6
NS7a / ORF7a %96,72
NS7b / ORF7b
NS8 / ORF8 %97,54
OLUMSUZLUK %97.70
ORF10 100%

filogenetik pozisyon

Sarbekovirüsler arasındaki filogenetik ilişkiler , genomun dikkate alınan kısmına bağlıdır. Sadece S genini düşünürsek, SARS-CoV-2, RaTG13'e ve ardından pangolin sarbecoviruses'e yakındır, RpYN06 ise ZXC21 ve ZC45 ile bir klad oluşturur. Sadece RdRp genini veya ORF1ab genini düşünürsek, RpYN06, SARS-CoV-2'nin kardeş grubundaki RmYN02'ye çok yakındır .

Filogenetik ağaç ve SARS CoV-2 ile ilgili koronavirüs dalı RdRp geninden elde edilen, aşağıdaki gibi olduğu:



Rc-o319 , SARS-CoV-2'ye %81 yakın, Rhinolophus cornutus , Iwate , Japonya (2013'te toplandı, 2020'de yayınlandı)




SL-ZXC21 , %88, Rhinolophus pusillus , Zhoushan , Zhejiang (2015'te toplandı, 2018'de yayınlandı)


SL-ZC45 , %88, Rhinolophus pusillus , Zhoushan , Zhejiang (2017'de toplandı, 2018'de yayınlandı)




SL-CoV- GX , %89, Manis javanica , Güneydoğu Asya (2017'de hasat edildi, 2020'de yayınlandı)



SL-CoV- GD , %91, Manis javanica , Güneydoğu Asya




RacCS203 , %91.5, Rhinolophus acuminatus , Chachoengsao , Tayland (Haziran 2020'de toplanan 4 koronavirüsün metagenomu 2021'de yayınlandı)





RmYN02 ,% 93.3, Rhinolophus malayanus , Mengla , Yunnan (2020 yılında yayınlanan, Haziran 2019 yılında toplanan)


RpYN06 , %94,4, Rhinolophus pusillus , Mengla , Yunnan (Mayıs 2020'de toplandı, 2021'de yayınlandı)




RshSTT182 , %92,6, Rhinolophus shali , Stoeng Treng , Kamboçya (2010'da toplandı, 2021'de yayınlandı)


RaTG13 , %96,1, Rhinolophus affinis , Mojiang , Yunnan (2013'te toplandı, 2020'de yayınlandı)




SARS-CoV-2 (%100)










SARS-CoV -1 , SARS-CoV-2'nin % 79'una yakın


Şuna da bakın:

Notlar ve referanslar

  1. (içinde) Maciej F. Boni, Philippe Lemey, Jiang Xiaowei, Tommy Tsan Yuk-Lam, Blair W. Perry, Todd A. Castoe Andrew Rambaut ve David L. Robertson , "  SARS-CoV-2 sarbecovirus soyunun evrimsel kökenleri COVID-19 pandemisinden sorumlu  ” , Nature Microbiology , cilt.  5, n o  11, kasım 2020, s.  1408-1417 ( PMID  32724171 , DOI  10.1038/s41564-020-0771-4 , çevrimiçi okuyun )
  2. Hong Zhou, Jingkai Ji, Xing Chen Yuhai Bi, Juan Li, Tao Hu Hao Song, Yanhua Chen Mingxue Cui, Yanyan Zhang Alice C Hughes, Edward C. Holmes Weifeng Shi, "  Yeni yarasa koronavirüslerinin tespiti, SARS-CoV-2 ve ilgili virüslerin 2 evrimsel kökenine ışık tutuyor  ” ,8 Mart 2021( DOI  10.1016 / j.cell.2021.06.008 , erişim tarihi 13 Haziran 2021 )
  3. Hong Zhou , Jingkai Ji , Xing Chen , Yuhai Bi , Juan Li , Qihui Wang , Tao Hu , Hao Song , Runchu Zhao , Yanhua Chen , Mingxue Cui , Yanyan Zhang , Alice C. Hughes , Edward C. Holmes ve Weifeng Shi , “  Yeni yarasa koronavirüslerinin tanımlanması, SARS-CoV-2 ve ilgili virüslerin evrimsel kökenlerine ışık tutuyor  ”, Cell ,Haziran 2021, S0092867421007091 ( DOI  10.1016 / j.cell.2021.06.008 )
  4. (tr) S Wacharapluesadee CW Tan , p Maneeorn , p Duengkae , K Zhu , Y'nin Joyjinda T Kaewpom WN Chia , W Ampoot BL Lim , K Worachotsueptrakun VC Chen , N Sirichan , Cı Ruchisrisarod , bir Rodpan , K Noradechanon , T Phaichana , N Jantarat , B Thongnumchaima , C Tu , G Crameri , MM Stokes , T Hemachudha ve LF Wang , “  Güneydoğu Asya'da yarasalarda ve pangolinlerde dolaşan SARS-CoV-2 ile ilgili koronavirüslerin kanıtı.  ” , Doğa İletişimi , cilt.  12, n o  1,9 Şubat 2021, s.  972 ( PMID  33563978 , PMCID  7873279 , DOI  10.1038/s41467-021-21240-1 ).
  5. (tr) Vibol Hul , Deborah Delaune Erik A. Karlsson , Alexandre Hassanin , putita Ou Tey , Artem Baidaliuk , Fabiana Gambaro , Vuong Tan Tu Lucy Keatts , Jonna Mazet Christine Johnson , Philippe Buchy Philippe Dussart , Tracey Goldstein Etienne Simon Lorière ve Veasna Duong , “  Kamboçyaçıkışlı bitler olarak hazırlanmış yeni bir SARS CoV-2 ile ilgili koronavirüs  ” ile, bioRxiv ,26 Ocak 2021( DOI  10.1101 / 2021.01.26.428212 ) ,s.  2021.01.26.428212.
  6. (içinde) Shin Murakami , Tomoya Kitamura , Jin Suzuki , Ryouta Sato , Toshiki Aoi , Marina Fujii , Hiromichi Matsugo Haruhiko Kamiki , Hiroho Ishida Akiko Takenaka-Uema Masayuki Shimojima ve Taisuke Bat Horimoto Karakterizasyonunun Sarphylobe Virüsü ile İlgili Olduğu , "  -CoV-2, Japonya  ” , Gelişen Bulaşıcı Hastalıklar , cilt.  26, n o  12,aralık 2020, s.  3025–3029 ( DOI  10.3201 / eid2612.203386 ).
  7. (tr) Hong Zhou , Xing Chen , Tao Hu , Juan Li , Hao Şarkı , Yanran Liu , Peihan Wang , Di Liu Jing Yang , Edward C. Holmes , Alice C. Hughes , Yuhai Bi ve Weifeng Shi , “  SARS-CoV-2 ile Yakın İlişkili Yeni Bir Yarasa Coronavirüsü, Spike Proteininin S1 / S2 Bölünme Bölgesinde Doğal Eklemeler İçeriyor  ” , Current Biology , cilt.  30, n o  11,haziran 2020, s.  2196–2203.e3 ( DOI  10.1016 / j.cub.2020.05.023 ).
  8. (tr) Tommy Tsan-Yuk Lam , Na Jia , Ya-Wei Zhang , Marcus Ho Hin Shum , Jia-Fu Jiang , Hua Chen Zhu , Yi-Gang Tong , Yong-Xia Shi , Xue-Bing Ni , Yun -Shi Liao , Wen-Juan Li , Bao-Gui Jiang , Wei Wei , Ting-Ting Yuan , Kui Zheng , Xiao-Ming Cui , Jie Li , Guang-Qian Pei , Xin Qiang , William Yiu-Man Cheung , Lian-Feng Li , Fang-Fang Sun , Si Qin , Ji-Cheng Huang , Gabriel M. Leung , Edward C. Holmes , Yan-Ling Hu , Yi Guan ve Wu-Chun Cao , “  Malaya pangolinlerinde SARS-CoV-2 ile ilgili koronavirüslerin belirlenmesi  ” , Doğa , cilt.  583, n O  7815,9 Temmuz 2020, s.  282–285 ( DOI  10.1038 / s41586-020-2169-0 ).
  9. (içinde) Ping Liu , Jing Zhe Jiang , Xiu-Feng Wan , Yan Hua , Linmiao Li , Jiabin Zhou , Xiaohu Wang , Fanghui Hou , Jing Chen , Jiejian Zou ve Jinping Chen , "  Pangolinler 2019 romanının ara sunucusu mu? koronavirüs (SARS-CoV-2)?  » , PLOS Patojenleri , cilt.  16, n o  5,14 Mayıs 2020, e1008421 ( DOI 10.1371 / dergi.ppat.1008421 ) .
  10. (tr) H Zhou , X Chen , T Hu , J Li , H Song , Y Liu , P Wang , D Liu , J Yang , EC Holmes , AC Hughes , Y Bi ve W Shi , "  A Novel Bat Coronavirus Yakından İlişkili SARS-CoV-2, Spike Proteininin S1 / S2 Bölünme Bölgesinde Doğal Eklemeler İçerir.  » , Güncel biyoloji: CB , cilt.  30, n o  11,8 Haziran 2020, s.  2196-2203.e3 ( PMID  32416074 , DOI  10.1016 / j.cub.2020.05.023 ).
  11. (tr) Zhou P, Yang XL, Wang XL, Hu B, Zhang L, Zhang W, Si HR, Zhu Y, Li B, Huang CL, Chen HD, Chen J, Luo Y, Guo H, Jiang RD, Liu MQ, Chen Y, Shen XR, Wang X, Zheng XS, Zhao K, Chen QJ, Deng F, Liu LL, Yan B, Zhan FX, Wang YY, Xiao GF, Shi ZL, "  Ek: muhtemel yarasa kökenli yeni koronavirüs  ” , Nature , cilt.  588, n o  7836,aralık 2020, E6 ( PMID  33199918 , DOI  10.1038 / s41586-020-2951-z , çevrimiçi okuyun ).

Dış bağlantılar