Brachypodium distachyon

Brachypodium distachyon Bu görüntünün açıklaması, aşağıda da yorumlanmıştır Bitki alışkanlığı. APG III Sınıflandırması (2009)
Saltanat Plantae
Clade Kapalı tohumlular
Clade Monokotiledonlar
Clade Commelinidae
Sipariş Poales
Aile Poaceae
Tür Brachypodium
Alt aile Pooideae
Kabile Brachypodieae
Tür Brachypodium

Türler

Brachypodium distachyon
( L ) , P. Beauv. , 1812

Filogenetik sınıflandırma

Filogenetik sınıflandırma

Brachypodium Brachypodium bir olan türler arasında bitkiler monokotillerde ait ailesi arasında Poaceae , altfamilyasına ait Pooideae'nın Eski Dünya (dan, Akdeniz , Batı Asya ).

Onun genom nispeten küçük (~ 272 milyon bp 5 kromozomlar ) için çim , küçük boyutu ve çevrim Short, yakınlığı taksonomik ile hububat majör ( buğday , arpa , yulaf , çavdar , aynı alt ailedeki Pooideae ve mısır , sorgum , şeker kamışı , darı , fonio (alt ailesi arasında Panicoideae ) yanı sıra pirinç (alt ailesi arasında Oryzoideae ) gibi bir seçim belirlenmiş bir model organizma olarak çim genomik .

Etimoloji

" Brachypodium  " jenerik adı  , spikeletlerin (subsessiles) çok kısa pedikeline atıfta bulunularak, Greekραχύς ( brachys ), kısa ve πόδιον ( podion ), küçük ayak Yunan köklerinden oluşur . Belirli bir sıfat , "  distachyon  " oluşturulur Yunan Köklerin δίς ( dis ), iki, ve στάχυς ( Stachys düzenli ikiye ayrılması dallanma çiçeklenme referansla), başak.

dağılım ve yaşam alanı

Orijinal aralığı içinde Brachypodium distachyon Eski Dünya'ya uzanır:

Türler birçok kıtada tanıtıldı ve özellikle Çin ve Doğu Asya, Hindistan , Avustralya , Kuzey Amerika ( Amerika Birleşik Devletleri ve Meksika ) ve Güney Amerika'da doğallaştırıldı .

Kuru ve taşlı zemine adapte edilmiş bir bitkidir.

Model bitki

Brachypodium distachyon , tarımsal önemi çok az olmasına rağmen , ılıman otların genetiğini ve moleküler ve hücresel biyolojisini anlamak için model organizma olarak çeşitli avantajları olan bir türdür . Onun nispeten küçük boyutu genomu için yararlı kılan sekanslama ve genetik haritalama. Buna ek olarak, Brachypodium distachyon genomunun yalnızca% 21'i tekrarlayan elementlerden oluşur; pirinçte% 26 ve buğdayda yaklaşık% 80, bu da genetik haritalama ve dizilemeyi daha da basitleştirir. Yaklaşık 272 milyon baz çifti ve beş kromozomla , bir çim türü için küçük bir genomdur. Brachypodium distachyon'un küçük boyutu (15 ila 20 cm boyunda) ve hızlı yaşam döngüsü (sekiz ila on iki hafta) araştırma amaçlı olarak da avantajlıdır. Erken erişim durumunda çiçeklenme, çimlenmeden üç hafta sonra ( uygun bir indüktif fotoperiyot altında ) gerçekleşebilir. Bazı erişimlerin küçük boyutu, onları küçük bir alanda büyütmeye elverişli hale getirir. Yabani ot karakteri , bu bitkinin özel yetiştirme koşulları gerektirmeden neden kolayca büyüdüğünü açıklar.

Bu tür, büyüyen bir araştırma topluluğunu harekete geçiren güçlü bir model olarak ortaya çıkıyor. Uluslararası Brachypodium Girişimi (IBI) 'de PAG XIV konferansında ilk toplantısını yanı sıra bir genom atölyesi, düzenlenen San Diego , Kaliforniya IBI amacı gelişmesini teşvik etmektir Ocak 2006'da, Brachypodium distachyon bir model olarak organizma ve referans genotipler , CBA kitaplıkları , genetik belirteçler , popülasyon haritalama ve genomik dizilerin bir veritabanı gibi genomik , genetik ve biyoinformatik kaynakları geliştirmek . Son zamanlarda, bir dizi Brachypodium genotipi için verimli Agrobacterium transformasyon sistemleri geliştirildi ve mutant transfer DNA koleksiyonlarının geliştirilmesine izin verildi . Çimlerde gen fonksiyonunun anlaşılmasını kolaylaştırmak için başlatılan T-DNA ekleme hatlarının karakterizasyonu ve dağıtımı

Şimdi, Brachypodium distachyon kendisini karşılaştırmalı genomik alanında önemli bir araç olarak kanıtladı . Bu bitki , model organizmadan ekili bitki türlerine hastalık direnci hakkındaki bilginin transferini kolaylaştıran fitopatolojide bir model haline gelir . Brachypodium distachyon ayrıca evrimsel gelişim biyolojisi çalışmaları için , özellikle moleküler genetik mekanizmaları dikotiledonlu model organizmalarla, özellikle Arabidopsis thaliana ile karşılaştırmak için yararlı bir model haline geliyor .

Taksonomi

Eş anlamlı

Hayat Kataloğu'na göre (30 Kasım 2017)  :


Alt türlerin ve çeşitlerin listesi

Tropicos'a göre (30 Kasım 2017) (Muhtemelen eşanlamlılar içeren uyarı ham listesi):

Notlar ve referanslar

  1. (in) L. Watson & MJ Dallwitz "  Brachypodium P. Beauv.  » , On The grass genera of the world (erişim tarihi 9 Eylül 2016 ) .
  2. .
  3. (inç) "  Takson: Brachypodium distachyon (L.) P. Beauv.  " On Germplasm Resource Information Network (GRIN) ( 30 Kasım 2017'de erişildi ) .
  4. (in) WD Clayton M. Vorontsova KT & Harman H. Williamson, "  Brachypodium distachyon  " üzerine GrassBase - Çevrimiçi Dünya Çim Flora (erişilen 2017 30 Kasım ) .
  5. (inç) "  1. Brachypodium distachyon (Linnaeus) P. Beauvois, Ess. Agrostogr. 155. 1812  ” , Flora of China ( 30 Kasım 2017'de erişildi ) .
  6. (inç) The International Brachypodium Initiative, "  Brachypodium distachyon model çimenlerin genom dizilimi ve analizi  " , Nature , cilt.  463, n o  7282,2010, s.  763–8 ( DOI  10.1038 / nature08747 ).
  7. .
  8. (in) John P. Vogel , David F. Garvin , Oymon Sn Leong ve Daniel M. Hayden , "  Agrobacterium modeli çim değişim ve gelişim doğuştan çizgisini aracılı Brachypodium distachyon  " , Bitki Hücresi, Doku ve organ kültürü , uçuş .  84, n o  22006, s.  100179–91 ( DOI  10.1007 / s11240-005-9023-9 ).
  9. (in) Philippe Vain Barbara, Worland Vera Thole Neil McKenzie Silvia C Alves Magdalena Opanowicz ve Lesley J. Fish , "  Agrobacterium ılıman çim dönüşümünü aracılı Brachypodium distachyon T-DNA araya sokulan mutajenez için (genotip BD21)  " , Plant Biotechnology Journal , cilt.  6, n o  5,2008, s.  236–45 ( DOI  10.1111 / j.1467-7652.2007.00308.x ).
  10. (in) Sílvia C Alves Barbara Worland Vera Thole , John W Snape , Michael W Bevan ve Philippe Vain , "  için bir protokol Agrobacterium dönüşümü aracılı Brachypodium distachyon eden BD21 standart çizgi  " , Nature Protokolleri , cilt.  4, n o  5,2009, s.  638–49 ( DOI  10.1038 / nprot.2009.30 ).
  11. (in) Vera Thole , Sílvia C Alves Barbara Worland , Michael W Bevan , Philippe Vain , "  Verimli almak ve Yollardan Sequence Tags (tSPs) karakterize etmek için bir protokol Brachypodium distachyon T-DNA araya sokulan mutantlar  " , Nature Protokolleri , cilt .  4, n o  5,2009, s.  650–61 ( DOI  10.1038 / nprot.2009.32 ).
  12. (in) Vera Thole Antoine Peraldi Barbara Worland , Paul Nicholson , John H. Doonan ve Philippe Vain , "  T-DNA mutajenez Brachypodium distachyon  " , J Exp Bot , Vol.  63, n o  22012, s.  567–76 ( DOI  10.1093 / jxb / err333 ).
  13. (in) Vera THOLE Barbara Worland Jonathan Wright , Michael W. Bevan ve Philippe Vain , "  genomunda 1000'den fazla T-DNA etiketlerinin Dağıtım ve karakterizasyonu Brachypodium distachyon topluluğu standart çizgi BD21  ' , Bitki Biyoteknoloji Dergisi , uçuş .  8, n o  6,2010, s.  734–47 ( DOI  10.1111 / j.1467-7652.2010.00518.x ).
  14. (in) Naxin Huo , John P. Vogel , Gerard R. Lazo Frank M. You , Yaqin Ma , Stephanie McMahon ve Jan Dvorak , "  yapısal karakterizasyonu Brachypodium genomun ve pirinç ve buğday ile Onun sintenık ilişki  " , Plant Mol Biol , cilt.  70, n kemik  1-2,2009, s.  47–61 ( DOI  10.1007 / s11103-009-9456-3 ).
  15. (in) Rachel Goddard , Antoine Peraldi Chris Ridout ve Paul Nicholson , "  Neden Olduğu Hastalıklar direnç Enhanced BRI1 Arasında Mutasyon korunaklı olanlar Brachypodium distachyon ve Arpa ( Hordeum vulgare )  " , Mol Bitki Mikrop Interact , vol.  27, n o  10,2014, s.  1095–1106 ( DOI  10.1094 / MPMI-03-14-0069-R ).
  16. (in) David Pacheco-Villalobos , Martial Sankar , Karin Ljung ve Christian S. Hardtke , "  Rahatsız Yerel Oksin Hücresel Homeostazı Geliştirir ve Anizotropi , Brachypodium distachyon Seminal Köklerinde Oksin-etilen Çapraz Karışımının Alternatif Kablolamasını Ortaya Çıkarır  " , PLoS Genetics , cilt.  9, n o  6,2013, e1003564 ( DOI  10.1371 / journal.pgen.1003564 ).
  17. Roskov Y., Ower G., Orrell T., Nicolson D., Bailly N., Kirk PM, Bourgoin T., DeWalt RE, Decock W., van Nieukerken EJ, Penev L. (editörler) (2020). Türler 2000 ve ITIS Yaşam Kataloğu , 2020-12-01. Www.catalogueoflife.org adresindeki dijital kaynak . Tür 2000: Naturalis, Leiden, Hollanda. ISSN 2405-8858, 30 Kasım 2017'de erişildi
  18. Tropicos.org. Missouri Botanical Garden., Erişim tarihi 30 Kasım 2017

Dış bağlantılar